用于分析兔精子细胞等位基因特异性表达的单细胞测序技术对比

《Genomics》：Comparison of single-cell sequencing technologies for allele-specific expression analysis in rabbit spermatids

　　

Elena Smertina|Madi Rutherford|Brendan Hosking|Nehleh Kargarfard|Laurence O.W. Wilson|Kevin P. Oh|Ina L. Smith|Tanja Strive|Maria Jenckel

澳大利亚首都领地阿克顿市布莱克山，联邦科学与工业研究组织健康与生物安全部门

摘要

基因驱动技术是一种能够将特定等位基因传递给90%以上后代的机制，例如小鼠中自然存在的-单倍型。对于入侵性害虫物种，人们希望利用天然存在的基因驱动技术。目前尚不清楚在澳大利亚最具危害性的害虫物种之一——欧洲野兔中是否存在类似的天然基因驱动。在此，我们分析了野兔精细胞中的等位基因特异性表达情况，以确定未来用于遗传生物控制研究的候选基因。我们采用了短读长和长读长测序技术并进行比较分析。Illumina测序技术被认为不合适，而两种长读长测序平台的性能则较为相似。SPINK2基因在生育能力方面起着重要作用，在所有样本中始终表现出对某一等位基因的特异性表达。此外，还有两种激酶也显示出双峰型的等位基因表达模式。未来需要进一步研究这些基因是否适合用于遗传生物控制应用。