《International Journal of Rehabilitation Research》：Recent advances in therapeutic and surgical approaches in locally advanced HCC: downstaging and neoadjuvant therapy
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背景：鉴于早发性阿尔茨海默病(EOAD)和晚发性阿尔茨海默病(LOAD)具有不同的致病机制，针对每种亚型确定疾病特异性治疗靶点尤为关键。方法：研究人员进行了蛋白质组范围孟德尔随机化(MR)、共定位分析、基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)和依赖工具异质性(HE
背景：鉴于早发性阿尔茨海默病(EOAD)和晚发性阿尔茨海默病(LOAD)具有不同的致病机制，针对每种亚型确定疾病特异性治疗靶点尤为关键。方法：研究人员进行了蛋白质组范围孟德尔随机化(MR)、共定位分析、基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)和依赖工具异质性(HEIDI)检验，以确定候选蛋白在EOAD和LOAD中的因果作用。进一步分析包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析、GO/KEGG富集分析和单细胞RNA测序(scRNA-seq)注释。对靶蛋白进行了可药性评估，并进行了全表型组关联研究(PheWAS)以系统评估与可药性蛋白相关的潜在不良反应。针对首要治疗靶点进行了高通量分子对接和分子动力学模拟。结果：基因预测的三种蛋白(APOE、NECTIN2和PVR)水平与EOAD风险相关，九种蛋白(APOE、NECTIN2、PVR、EPHB4、SEMA3F、RNASET2、BTN1A1、PSAPL1和GRN)与LOAD风险相关，三种蛋白(APOE、NECTIN2和PVR)与EOAD共定位，六种蛋白(APOE、NECTIN2、PVR、SEMA3F、BTN1A1和EPHB4)与LOAD共定位。其中三种蛋白(APOE、NECTIN2和PVR)是EOAD和LOAD的共同靶点。EPHB4和BTN1A1被优先确定为LOAD的靶点，具有最令人信服的证据。小分子葫芦[8]脲(cucurbit[8]uril)与EPHB4和BTN1A1靶蛋白均表现出优异的结合亲和力，可用于阿尔茨海默病的治疗。结论：本研究确定了APOE、NECTIN2和PVR为EOAD和LOAD的共同治疗靶点，并指出EPHB4和BTN1A1可作为LOAD的优先靶点。
阿尔茨海默病(Alzheimer's disease, AD)是导致痴呆的首要原因，早发性阿尔茨海默病(early-onset Alzheimer's disease, EOAD)和晚发性阿尔茨海默病(late-onset Alzheimer's disease, LOAD)是两种主要亚型。由于二者致病机制不同，目前缺乏针对亚型的特异性治疗方案。现有AD药物主要为对症治疗，且疗效有限。全基因组关联研究(GWAS)已发现众多AD遗传位点，但蛋白质组层面的机制仍不明确。因此，研究人员开展了一项综合研究，旨在利用蛋白质组范围孟德尔随机化(Mendelian randomization, MR)、共定位分析、基于汇总数据的MR(summary-data-based MR, SMR)和依赖工具异质性(Heterogeneity in Dependent Instruments, HEIDI)检验等多种方法，系统识别EOAD和LOAD的因果蛋白和治疗靶点。研究数据来源于FinnGen数据库（包括1820例EOAD患者、9690例LOAD患者和216472例对照，均为欧洲血统）和UK Biobank-PPP蛋白质组数据库（54219名参与者）。通过多阶段分析，最终确定APOE、NECTIN2和PVR为EOAD和LOAD的共同靶点，并特别将EPHB4和BTN1A1优先确定为LOAD的治疗靶点。小分子葫芦[8]脲(cucurbit[8]uril)显示出与EPHB4和BTN1A1靶点的优异结合力。这些发现为AD亚型提供了新的潜在药物靶点，具有重要的转化意义。该论文发表在《International Journal of Rehabilitation Research》。
研究人员采用的关键技术方法包括：蛋白质组范围MR评估血浆蛋白与EOAD/LOAD的因果关系；贝叶斯共定位分析验证遗传因果关联；SMR和HEIDI检验区分连锁与因果关系；蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络和GO( Gene Ontology)/KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析探索生物学功能；单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)注释揭示细胞类型特异性表达；全表型组关联研究(Phenome-wide association study, PheWAS)评估潜在副作用；高通量分子对接和分子动力学模拟筛选先导化合物。样本来源为FinnGen数据库（欧洲血统）和UK Biobank-PPP。
研究结果如下：
蛋白质组范围MR分析鉴定EOAD/LOAD潜在治疗靶点：通过双样本MR，经FDR校正，发现3个蛋白（APOE、NECTIN2、PVR）与EOAD风险显著关联，其中APOE为保护因素（OR=0.41, P=7.96×10
-23），NECTIN2（OR=3.23, P=2.57×10
-11）和PVR（OR=1.50, P=1.38×10
-7）为风险因素。9个蛋白（APOE、NECTIN2、PVR、EPHB4、SEMA3F、RNASET2、BTN1A1、PSAPL1、GRN）与LOAD风险显著关联，其中APOE、EPHB4、GRN、SEMA3F、PSAPL1、RNASET2为保护因素，NECTIN2、PVR、BTN1A1为风险因素。
PPI网络和富集分析揭示潜在生物学通路：构建PPI网络，GO/KEGG分析显示EOAD相关蛋白富集于细胞粘附分子、细胞因子-细胞因子受体互作和凋亡等通路；LOAD相关蛋白富集于细胞粘附分子、Toll样受体信号和HIF-1信号等通路。
共定位分析支持遗传因果关联：贝叶斯共定位显示，3个EOAD蛋白（APOE、NECTIN2、PVR）和6个LOAD蛋白（APOE、NECTIN2、PVR、SEMA3F、BTN1A1、EPHB4）具有强共定位证据（PPH3+PPH4>0.8），提示因果变异共享。
SMR和HEIDI检验验证因果蛋白：进一步SMR和HEIDI检验，EPHB4和BTN1A1通过所有检验，被列为Tier 1（最有力证据）；APOE、NECTIN2、PVR、GRN、SEMA3F为Tier 2；RNASET2、PSAPL1为Tier 3。
单细胞RNA注释揭示细胞类型表达：脑单细胞RNA数据表明，APOE和GRN在所有脑细胞类型中广泛高表达；EPHB4在星形胶质细胞和内皮细胞高表达；PVR在内皮细胞和少突胶质细胞表达。人蛋白图谱(HPA)数据库确认EPHB4在脑血管内皮细胞富集。
全表型组MR分析评估潜在副作用：对Tier 1和Tier 2共5种蛋白进行PheWAS分析（2469种表型），APOE与骨关节病、2型糖尿病、高血压心脏病等风险增加相关；BTN1A1与结节病、自身免疫性甲亢等风险降低相关；EPHB4与卵巢子宫内膜异位症、虹膜睫状体炎等风险增加相关；NECTIN2和PVR无显著关联。
可药性评价揭示药物开发潜力：APOE、NECTIN2、PVR、EPHB4、BTN1A1均具有可药性。APOE模拟肽CN-105具有神经保护作用；PVR靶向药Lerapolturev处于II期临床试验；EPHB4融合蛋白sEphB4-HSA在多种癌症中进入II/III期临床；BTN1A1相关小分子Phloretin有抗炎抗氧化作用；但尚无AD适应症药物。
分子对接和动力学模拟发现先导化合物：高通量分子对接筛选（超过10万化合物）发现CE04-0201（葫芦[8]脲）与EPHB4结合亲和力达-14.07 kcal/mol，与BTN1A1达-11.18 kcal/mol，均为高亲和力。100 ns分子动力学模拟显示复合物稳定，氢键相互作用良好。
在讨论部分，研究人员深入分析了EPHB4、NECTIN2和BTN1A1的潜在机制。EPHB4参与血管生成和突触可塑性，其遗传证据支持通过脑血管功能障碍和Aβ清除影响AD风险。NECTIN2作为细胞粘附分子，可能通过调节神经炎症和血脑屏障完整性参与发病。BTN1A1属于免疫球蛋白超家族，可能通过调节小胶质细胞和神经免疫发挥作用。研究还指出EOAD和LOAD共享细胞粘附分子通路，但各自有特异性通路。局限性包括仅基于欧洲血统、缺乏多数据库验证等，未来需在多种族队列中验证。
研究结论：研究人员的研究确定了APOE、NECTIN2和PVR是EOAD和LOAD的共同靶点，并特别将EPHB4和BTN1A1优先确定为LOAD的治疗靶点。总之，这些发现为EPHB4和BTN1A1在LOAD中的治疗潜力提供了遗传证据，可为LOAD药物开发提供优先化策略。小分子葫芦[8]脲与EPHB4和BTN1A1靶蛋白均表现出优异的结合亲和力，可用于阿尔茨海默病的治疗。
