基于理性分析和计算机模拟指导的APOBEC3F定向CBE技术，用于提升胰腺导管腺癌（PDAC）的基因治疗效果

《Communications Biology》：Rationally and in silico guided APOBEC3F-directed CBE for enhanced PDAC genetic therapy

　　

摘要

胞嘧啶碱基编辑器（CBEs）能够实现精确的C到T转换，并具有巨大的治疗潜力，但其在肿瘤学中的编辑功能和实用性仍需进一步研究。在此研究中，我们将进化尺度建模（ESM）与结构导向的突变技术相结合，对人类APOBEC3F（A3F）进行了改造，从而获得了一系列高性能的CBEs。我们开发的高效A3F-CBEs在目标编辑窗口内的编辑效率比A3A和Anc689-BE4max分别高出1.9倍和3.3倍。这些高精度的A3F-CBEs在大多数检测位点上的编辑效果比haA3A-G提高了3.0倍，同时保持了高度的特异性。为了验证其治疗潜力，我们构建了一个双AAV载体平台，该平台同时携带A3F-BE4max和双gRNA，共同靶向胰腺导管腺癌（PDAC）模型中的KRAS和MYC基因。实验结果显示，这些CBEs在体外以及患者来源的类器官（PDOs）中均能有效沉默癌基因并抑制PDAC细胞的增殖。在PDAC小鼠模型中，它们显著降低了肿瘤负荷并延长了生存期。我们的研究证明了基于ESM指导的A3F-CBEs是一种多功能、精确的癌症基因治疗工具。