借助人工智能技术的单细胞分析揭示了胃癌中棕榈酰化特征的多细胞预后机制

《npj Precision Oncology》：AI-enabled single-cell dissection of the palmitoylation landscape identifies a multicellular prognostic program in gastric cancer

　　

摘要

胃癌的致死率依然很高，但目前尚不清楚蛋白质S-棕榈酰化如何影响肿瘤微环境及临床预后。我们结合单细胞RNA测序（来自25个胃癌肿瘤的119,931个细胞）、空间转录组学以及大规模队列研究，分析了恶性细胞、免疫细胞和间质细胞中与棕榈酰化相关的状态。那些棕榈酰化水平较高的恶性细胞可进一步分为三个易发生转移的亚群，这些亚群的脂肪酸代谢及Ras–MAPK信号通路活性更为活跃，且预后更差。空间定位分析及配体-受体推断显示，棕榈酰化水平较高的肿瘤细胞会与具有免疫抑制作用的髓系细胞以及不同类型的CAF亚群共存于同一微环境中，同时该环境中促血管生成和促纤维化信号更为强烈。我们构建并验证了一个包含87个基因的多细胞棕榈酰化特征标志物，用于风险分层，外部队列研究也表明，该标志物的得分越高，预后越差。药物反应模型揭示了与HSP90–PI3K/MAPK轴相关的脆弱点。功能实验和异种移植模型进一步证实，SH3BGRL是这一不良预后相关通路中的关键驱动因子。