一种基于生物信息学和实验技术的分析方法确定了CLDN10和GJB2是在皮肤黑色素瘤中发生表观遗传沉默的肿瘤抑制基因 莎拉·阿罗约·维洛拉、 维特·扎维尔·鲍曼、 赵雨芬、 尼古拉斯·菲利普、 莱因哈德·H·达曼、 科妮莉亚·西格斯以及 安特耶·玛丽亚·里希特

《International Journal of Molecular Sciences》：A Bioinformatics and Wet-Lab-Based Pipeline Identifies CLDN10 and GJB2 as Epigenetically Silenced Tumor Suppressor Genes in Cutaneous Melanoma Sarah Arroyo Villora, Veit Xaver Baumann, Yufen Zhao, Niklas Philipp, Reinhard H. Dammann, Cornelia Sigges and Antje Maria Richter

　　

摘要

研究癌症发展过程中的表观遗传变化，有助于揭示肿瘤抑制基因的作用以及DNA甲基化对其的调控机制。启动子区域中的CpG岛尤其值得关注，因为其过度甲基化会抑制肿瘤抑制基因的表达。在此，我们为实验室研究人员提供了一种实用的分析流程，旨在利用免费的在线工具识别新的表观遗传调控肿瘤抑制基因。诸如R2基因组分析和可视化平台之类的生物信息学工具，可用于分析基因组结构、CpG岛以及调控元件。差异甲基化和基因表达分析则基于TCGA等数据集，并借助MethSurv、TCGA Wanderer和GEPIA2等工具将DNA甲基化与基因表达相关联。这一生物信息学分析步骤是实验室中验证肿瘤抑制基因的基础。通过该流程，我们确定了CLDN10和GJB2可能是黑色素瘤中的肿瘤抑制基因。在实验层面，我们的方法包括基于DNA亚硫酸氢盐转化的DNA甲基化分析、联合亚硫酸氢盐限制性分析（CoBRA）、用于特定CpG甲基化定量测定的焦磷酸测序，以及用于RNA表达量测定的RT-PCR。我们在原发肿瘤、转移灶和细胞系模型中验证了这些结果。该方法有助于高效识别新的表观遗传调控肿瘤抑制基因，为相关研究提供了实用指导。