摘要
在本研究中，我们使用水产养殖分离株160P，比较评估了短读长（Illumina）、长读长（Oxford Nanopore Technologies, ONT）和混合（Illumina + ONT）测序策略在细菌基因组分析中的应用。基因组DNA从该分离株中提取后，分别在Illumina双端测序平台和ONT长读长测序平台上进行测序。随后利用SPAdes、Canu、Flye和Unicycler软件在仅使用短读长数据、仅使用长读长数据以及混合数据的工作流程下生成了基因组组装，并通过QUAST组装指标进行了评估。在所有测试的方法中，混合使用Unicycler的组装方法获得了最高的连续性，生成了7个contigs，其中最大的contig长度为4.55 Mb，几乎代表了完整的染色体信息。后续分析包括功能基因组注释以及对抗微生物耐药性因子（CARD）、毒力相关基因（VFDB）和次级代谢产物生物合成基因簇（antiSMASH）的计算机筛选。基于平均核苷酸同一性（ANI）和数字DNA-DNA杂交（dDDH）的比较基因组相关性分析表明，160P与Aeromonas sobria CECT 4245T的亲缘关系最为密切，但其亲缘关系程度未达到通常用于物种分类的阈值，这支持将其视为一个基因组上具有独特性的谱系，需要进一步进行分类学研究。总体而言，这些发现强调了混合测序技术在提高基因组组装连续性、增强注释完整性和提升细菌病原体基因组分类学分辨率方面的价值。
