将ATAC-seq与RNA-seq技术相结合，揭示了GIFT罗非鱼性别反转后性腺发育相关的染色质可及性变化

《Genomics》：Integration of ATAC-seq and RNA-seq unravels chromatin accessibility associated with gonad development after sex reversal in GIFT tilapia

　　

叶远|习鸿波|陈山东|周泽迅|朱文婷|刘云云|李永春|沈中原|王重庆|肖军|王世|李武辉|刘少军

中国湖南省长沙市410081，湖南师范大学生命科学学院，国家教育部多倍体鱼类繁殖与育种工程研究中心

摘要

目前，关于激素诱导性别反转后鱼类性腺发育与维持的表观遗传调控机制仍不甚清楚。为填补这一知识空白，本研究在GIFT罗非鱼中开展了整合多组学分析。研究比较了三组个体：正常雌鱼（CF；基因型为雌性，XX）、正常雄鱼（CM；基因型为雄性，XY）以及假雌鱼（S；经雌激素处理的基因型为雄性的个体，XY）。S组的生长特征和性激素水平介于CF组和CM组之间。与CF组相比，S组的发育较迟，表现为卵巢体积减小、卵母细胞数量减少以及卵母细胞质量下降。ATAC-seq分析揭示了假雌鱼性腺中独特的染色质可及性模式，进而确定了包括ZNF148、ZNF281和SP9在内的关键转录因子。研究表明，染色质可及性的变化与转录重编程相结合，可识别出在关键通路中富集的共调控基因，这些通路涉及结合与催化活性、细胞凋亡、代谢以及同源重组等方面。后续分析还发现了若干与性腺发育相关的基因，包括和。值得注意的是，被认为是一个潜在的核心枢纽基因，其表达与ZNF148/SP9基序的富集以及染色质可及性的变化相关。该基因可能与其他因子如相互作用，从而影响卵母细胞的发育。这些发现可为了解性别反转后鱼类性腺发育的表观遗传和转录调控机制提供新见解，从而为水产养殖中性别控制策略的优化奠定理论基础。