在一个公开可用的快速中子突变体集合中，通过映射删除方法来鉴定豌豆中的基因

《BMC Plant Biology》：Mapped deletions in a publicly available Fast Neutron mutant collection for gene identification in pea

　　

摘要

背景

在豌豆（Pisum sativum）JI2822品系中，通过快中子诱导产生的突变体已在多项研究中得到了描述。在本研究中，我们试图整理这些突变系，以便于对其进行访问和利用，同时研究突变的类型和频率，并探讨它们在系统筛选突变体方面的应用价值。

结果

我们使用了Axiom标记来检测缺失突变，方法是通过筛选空等位基因来进行检测；同时也将这种方法与低覆盖度测序进行了比较，后者通过读取映射深度的变化来检测缺失。这些突变筛选发现了许多大的缺失区域，但也发现了一些重复序列。这些缺失突变并不一定是连续的片段，有些突变涉及一个或多个邻近的位置，这表明快中子诱导的突变可能具有复杂性。我们确定了PsMYB32基因属于Fuscopurpureus（Cr）基因型，并提出了其他可能影响花结构和蜡沉积的候选基因。将PsMYB32基因鉴定为Cr基因型，使我们推测PsMYB37可能是Roseus（Ce）基因的候选基因，相关证据也在文中进行了讨论。

结论

通过对210个M2世代的家族进行滑动测序分析，我们发现了覆盖豌豆基因组约15%区域的缺失突变。这意味着大约5000个家族中的突变系应当包含覆盖较大范围基因组的缺失突变。我们检测到了半合子缺失突变，因此那些 severely compromised in fertility 或 viability（即生育能力或生存能力严重受损）的突变体可能可以在这个群体中被研究。这一资源的公开共享将有助于进一步鉴定豌豆中的基因；本研究为通过测序进一步表征这些突变系提供了背景数据。