比较了短鼻拭子和深鼻咽拭子采样方法在检测与肉牛呼吸道疾病（BRD）相关的病毒和细菌方面的效果。研究采用了一种针对秋季转入育肥场的肉牛犊优化后的宏基因组学方法来提高病毒检测的效率。这些肉牛犊刚进入育肥场不久

《Veterinary and Animal Science》：Comparison of short nasal swab and deep nasopharyngeal swab sampling methods to describe BRD-associated viruses and bacteria detected using a metagenomics approach optimized for virus recovery in fall-placed beef calves shortly after feedlot arrival

　　

埃马纽埃尔·唐布雷（Emmanuel Donbraye）|莉安·麦克劳德（Lianne McLeod）|柴志坚（Zhijian Chai）|斯泰西·R·拉科斯特（Stacey R. Lacoste）|E·卢克·麦卡锡（E. Luke McCarthy）|马修·G·林克斯（Matthew G. Links）|谢丽尔·L·瓦尔德纳（Cheryl L. Waldner）

摘要

与深鼻咽拭子（DNPS）相比，短鼻拭子（SNS）在检测牛呼吸道疾病（BRD）病原体方面具有潜在优势，包括成本更低、采样时间更短以及所需人员培训更少。本研究使用专为呼吸道RNA病毒优化的纳米孔宏基因组测序技术，对比了150头犊牛在六个饲养场围栏中采集的样本中，两种拭子在检测BRD相关病原体方面的差异。结果发现，对于牛冠状病毒（BCoV）和牛传染性鼻气管病毒（IDV），短鼻拭子的病毒检测数量和检出率均高于深鼻咽拭子（平均值分别为75次和17次；比值比=21.4，P值<0.001；以及560次和192次；比值比=2.60，P值=0.02）。不同病毒之间的检测一致性存在差异：IDV的检测一致性为κ=0.57，牛呼吸道合胞病毒（BRSV）为κ=0.43；对于BCoV，在≥1次检测和≥30次检测的情况下，其一致性分别为κ=0.35和κ=0.10。未检测到牛疱疹病毒1型（BoHV-1）和牛腺病毒3型（BAdV3）。Mannheimia haemolytica在短鼻拭子中的检出频率高于深鼻咽拭子（平均值分别为169次和57次；比值比=5.73，P值<0.001），Pasteurella multocida ebenfalls so（≥1次检测时，平均值分别为4.0次和1.2次；比值比=2.02，P值=0.02）。Mesomycoplasma dispar在短鼻拭子中的检出率较低（平均值分别为5.2次和29次；比值比=0.27，P值=0.001）。Histophilus somni、Bibersteinia trehalosi和Mycoplasmopsis bovis的检出率在两种拭子之间无显著差异。Mannheimia haemolytica（≥14次检测）的检测一致性为中等（κ=0.46，P值=0.001）。对于本研究中分析的所有其他细菌，kappa值都非常低。因此，短鼻拭子是一种敏感且实用的BRD病原体监测工具，能够揭示哪些病毒和细菌正在传播，从而为疫苗接种和疾病管理提供依据。