人类皮肤利什曼病的诊断：ITS1-PCR与ITS1-219下一代测序技术的比较

《BMC Microbiology》：Diagnosis of human cutaneous leishmaniasis: comparison between ITS1-PCR and ITS1-219 next generation sequencing

　　

摘要

背景

利什曼病是一种由利什曼原虫属的原生动物寄生虫引起的虫媒疾病。该疾病通过旧世界地区的沙蝇属或新世界地区的卢茨奥米亚属的受感染雌性沙蝇叮咬传播。诊断方法包括染色涂片显微镜检查、体外培养以及基于DNA的检测方法。

方法

本研究采用的诊断方法包括吉姆萨染色的涂片显微镜检查、使用NNN培养基的体外培养以及ITS1-PCR检测。此外，研究还对比了基于ITS1的扩增子型下一代测序技术（ITS1-219-NGS）。比较分为两组：一组是通过任何一种检测方法呈阳性的确诊病例组，另一组则是所有检测方法均为阴性的非确诊病例组。为了确定寄生虫种类，将ITS1-219-NGS的结果与先进行ITS1-PCR再结合RFLP检测的结果进行对比，后者因相较于显微镜检查和体外培养更具优势而被视为金标准。比较中使用的统计工具包括麦克奈马尔检验、巴普卡尔边缘同质性检验、卡帕统计量以及加特-巴克方程。

结果

比较结果显示，ITS1-219-NGS的灵敏度为94%，而作为金标准的ITS1-PCR灵敏度为86%。两种检测方法的结果高度一致（卡帕统计量=0.82，95%置信区间为0.73–0.90）。不过两种方法在确定寄生虫种类方面的一致性较差（卡帕值=0.24），仅有56%的病例结果一致。此外，常规的ITS1-PCR有29例确诊病例无法识别寄生虫种类，而这些病例可通过ITS1-219-NGS检测出来，并通过BLAST搜索得到确认。与ITS1-PCR不同，ITS1-219-NGS的所有阳性结果均被准确识别，这一结论也得到了BLAST搜索的验证。另外，有13例ITS1-PCR检测呈弱阳性的确诊病例在ITS1-219-NGS检测中为阴性，经BLAST搜索后发现这些阳性结果是来自人类或细菌的污染。

结论

基于扩增子的ITS1-219-NGS是一种性能优越、易于应用、灵敏度高且处理效率高的诊断方法，能够实现准确的寄生虫种类鉴定，可广泛应用于临床实践和流行病学调查中。