基于invA和ttrC的实时PCR检测方法在沙门氏菌肠炎亚种属特异性分子鉴定中的比较研究

《Journal of Microbiological Methods》：A comparative study of invA and ttrC-based real-time PCR assays for the genus-specific molecular identification of Salmonella enterica

　　

Jaweria Riaz | Maira Napoleoni | Giuditta Fiorella Schiavano | Jennie Fischer | Maria Borowiak | Giorgio Brandi | Giulia Amagliani

意大利乌尔比诺卡洛·博大学（University of Urbino Carlo Bo）生物分子科学系

摘要

目的

由于一些研究者报告了假阴性结果，作为基于PCR方法诊断沙门氏菌（Salmonella）的金标准靶标的invA基因的可靠性受到了质疑。因此，我们对基于invA和ttrC的实时PCR检测方法的包容性进行了评估，并比较了这两种靶标在特异性识别Salmonella enterica属细菌方面的表现，研究对象涵盖了广泛的菌株。

方法与结果

我们使用针对invA和ttrC基因片段的两种实时PCR方法，对2002年至2023年间在意大利中部从食品和兽医样本、人类临床样本以及河流表面水样中分离出的50个不同血清型的Salmonella菌株（共421株）进行了属特异性鉴定。结果显示，基于ttrC和invA的实时PCR检测方法的包容性均达到99%，其检测结果与ISO/TR 6579–3:2014标准以及彼此之间的结果完全一致（Cohen's Kappa值=0.991）。

结论

我们的研究结果表明，基于ttrC和invA的PCR方法在识别具有流行病学意义的Salmonella enterica菌株方面具有同等可靠性，并且检测结果完全一致。然而，考虑到某些Salmonella血清型的基因组变异性，建议采用双靶标PCR方法以提高诊断准确性。