不同基于DNA的标记在枣属（Ziziphus spp.）多样性分析和物种鉴定中的比较效果

《Agricultural Research》：Comparative Efficacies of Different DNA-Based Markers for Diversity Analysis and Species Discrimination in Ziziphus spp.

本研究比较了ISSR、CBDP、SSR和rpoC1标记在评估24份枣种质遗传多样性的效果，发现CBDP标记PIC最高（0.31），rpoC1成功区分Z. oenoplia与其他种，并揭示种群间存在遗传分化（FST=0.48），基因流动有限。

　　

摘要

枣树（Ziziphus 属），属于鼠李科（Rhamnaceae），是一种重要的果树作物，特别适合在恶劣的环境条件下生长。枣树的遗传改良依赖于具有遗传多样性的种质的鉴定，这些种质可以用于作物改良。在本研究中，我们比较了不同基于 DNA 的标记方法在估计 24 个枣树样本的遗传多样性方面的相对效果。这些标记方法包括 ISSR（Inter-Simple Sequence Repeat）、CBDP（CAAT Box Derived Polymorphism）、SSR（Simple Sequence Repeat）和质体 rpoC1 标记。虽然 ISSR 方法获得的平均多态性条带数量最多，但 CBDP 标记的平均 PIC（多态性信息含量）最高（0.31）。相比之下，SSR 标记的平均 PIC 最低（0.25），且分辨能力也较低（2.46）。两个属于 Z. oenoplia 的样本 IC-0625869 和 IC-0625864 始终与其他样本区分开来，这表明它们在进化过程中存在物种分化。CBDP 标记（CBDP 19 和 22）成功区分了这两个样本，而其他标记方法无法区分它们。rpoC1 标记成功确立了 Ziziphus 属的遗传差异性，使得 Z. oenoplia 与其他 Ziziphus 物种能够被明确区分。基于所有标记数据的群体结构分析显示存在两个不同的种群（K = 2），其等位基因频率分化程度分别为 0.28 和 0.48，表明这两个种群之间的基因流有限。本研究为枣树种质的多样性提供了新的见解，并鉴定出可用于明确区分不同基因型/物种的新标记方法。