一种无偏见的测量异常DNA甲基化改变的方法

《Nature Communications》：An unbiased approach to measure aberrant DNA methylation alterations

　　

摘要

准确测量异常DNA甲基化水平的能力对于理解DNA甲基化生物学至关重要。众所周知，在癌症中，DNA甲基化水平的最大增幅（因而也是最具生物学意义的增幅）发生在原本甲基化水平较低的CpG位点，而最大降幅则发生在原本甲基化水平较高的CpG位点。传统观点认为，观察到的这种变化程度与原始甲基化水平之间的关联主要是由于DNA甲基化变化范围内的局限性所致。在这里，我们提供了证据表明，这种关联主要是由于变化相对于原始甲基化水平而以全局性的速率发生的。我们展示了通过计算相对于原始甲基化水平的变化率，可以准确比较DNA甲基化的变化情况。最重要的是，这种方法能够识别出更具生物学意义的DNA甲基化变化。