背景：
随着时间的推移，HIV的基因多样性不断增加，重组形式的病毒变得越来越普遍，这使得亚型分类和监测变得更加复杂，尤其是在低收入和中等收入国家（LMICs）。准确的亚型鉴定对于监测、疫苗设计和治愈策略至关重要，但其可靠性取决于方法的选择——测序的基因组区域、使用的实验室方法以及亚型鉴定工具。本研究评估了这些方法对不同地区报告的重组形式病毒流行率的影响。
方法：
这项系统评价包括了2010年1月至2021年6月期间发表的400多篇经过同行评审的研究，这些研究报道了不同地理区域的HIV亚型流行情况。同时，还提取了有关亚型鉴定方法的数据。为了探讨这些方法与重组形式病毒流行率之间的关联，研究人员建立了三个广义线性混合模型进行元分析。
结果：
研究结果表明，使用洛斯阿拉莫斯国家实验室提供的工具对pol区域进行Sanger测序仍然是最常用的亚型鉴定方法。随着时间的推移，报告HIV亚型多样性的研究数量稳步增加。在元分析中，特定的基因组区域和亚型鉴定工具与重组形式病毒的流行率呈正相关。尽管控制了地区因素，某些地区仍与重组形式病毒的流行率存在正相关或负相关。
结论：
本综述强调了HIV亚型鉴定和重组形式病毒检测的方法学挑战，这对监测、疫苗开发和治愈策略至关重要。我们强调迫切需要可获取、可靠的亚型鉴定工具，并加强能力建设——特别是在低收入和中等收入国家，因为这些地区的病毒多样性最高，疾病负担也最重。
