利用FMDV-ONTAPS技术快速序列鉴定口蹄疫病毒：牛津纳米孔技术公司的扩增子P1测序方案 Shawn Yeo, Kate Hole, Taeyo Chestley, Grace E. Seo, Anna Majer, Katherine Handel, Michelle Nebroski, Oliver Lung, Charles Nfon, Shawn Babiuk

《Viruses》：Rapid Sequence Identification of Foot-and-Mouth Disease Virus Utilizing FMDV-ONTAPS: The Oxford Nanopore Technologies Amplicon P1 Sequencing Protocol Sean Yeo, Kate Hole, Taeyo Chestley, Grace E. Seo, Anna Majer, Katherine Handel, Michelle Nebroski, Oliver Lung, Charles Nfon and Shawn Babiuk

　　

摘要

目前，口蹄疫病毒（FMDV）的诊断检测主要使用逆转录定量PCR（RT-qPCR）来检测病毒RNA的存在，以及双重抗体夹心ELISA（DAS-ELISA）来确定病毒血清型。血清型的识别对于制定有效的疫苗策略以应对疫情至关重要。虽然DAS-ELISA能够识别病毒血清型，但其灵敏度较低，并且需要病毒分离株才能成功检测到病毒。在这项研究中，我们开发了一种名为FMDV-ONTAPS的检测方法：该方法结合了Oxford Nanopore Technologies公司的Amplicon P1测序技术，通过逆转录PCR扩增FMDV基因组的P1部分，随后利用Nanopore测序技术对这些扩增片段进行遗传数据分析，从而实现血清型和亚型/顶型的鉴定。使用该方法成功地对所有七种血清型的FMDV分离株进行了测序。此外，该技术还能够从实验感染动物来源的各种样本中鉴定出病毒血清型，这些样本包括牛奶、血清、口腔和鼻腔拭子、组织悬液、水疱液以及口腔液。无论是通过测序还是RT-qPCR方法，FMDV细胞培养分离株的检出限都相当。临床样本的RT-qPCR Cq值范围为8到28.21。除了一个组织悬液样本（Cq值为28.21）外，所有样本的测序都取得了成功。在临床样本中鉴定FMDV血清型对于有效应对疫情至关重要，而Nanopore测序技术相比DAS-ELISA具有更快的检测速度和更高的灵敏度。