去分化黑色素瘤细胞中IFNy反应增强是由于染色质重塑所致，这一现象通过ATAC-seq技术得到了验证

《Cell Communication and Signaling》：Enhanced IFNy response in dedifferentiated melanoma cells is due to chromatin remodeling as revealed by ATAC-seq

　　

摘要

背景

分化状态影响黑色素瘤中的免疫调节基因表达。去分化过程由微眼畸形相关转录因子（MITF）的丢失驱动，这会增强对干扰素-γ（IFNγ）的转录反应，导致炎症细胞因子和程序性死亡配体1（PD-L1）的表达非线性增加。尽管这些转录反应已经得到充分研究，但分化状态的变化如何影响对IFNγ的表观遗传反应仍不清楚。

方法

我们使用转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）技术来评估分化状态和IFNγ如何影响624Mel黑色素瘤细胞的染色质结构。通过siRNA介导的MITF敲低诱导去分化，然后在ATAC-seq之前进行IFNγ刺激。数据通过nfcore/atacseq管线、DESeq2、 motif富集分析、基因本体论（Gene Ontology）和KEGG通路分析进行处理。

结果

MITF的丢失和IFNγ刺激都导致了染色质可及性的显著但不同的变化。MITF敲低和IFNγ刺激均促进了染色质的开放。与我们实验室先前发布的RNA-seq数据整合后发现，MITF丢失和IFNγ刺激后染色质可及性和基因表达的调控是一致的。MITF敲低后染色质可及性改变的区域富集了与迁移相关的基因（例如：HDAC5、ITB1、NRP1），而IFNγ刺激则影响了富含炎症反应基因的区域（例如：DUSP10、HLA-E、TNC），在MITF水平较低（MITF^low）的条件下，受影响的基因数量增加了四倍。同样，IFNγ驱动的转录因子基序富集在MITF水平较低的情况下也被增强了。

结论

这些发现说明了MITF丢失在黑色素瘤中的表观遗传后果，并证明了分化状态与免疫调节基因表达之间的关联也扩展到了染色质结构上。这进一步阐明了将分化状态与黑色素瘤细胞中对IFNγ的反应联系起来的分子机制。

图形摘要

背景

分化状态影响黑色素瘤中的免疫调节基因表达。去分化过程由微眼畸形相关转录因子（MITF）的丢失驱动，这会增强对干扰素-γ（IFNγ）的转录反应，导致炎症细胞因子和程序性死亡配体1（PD-L1）的表达非线性增加。尽管这些转录反应已经得到充分研究，但分化状态的变化如何影响对IFNγ的表观遗传反应仍不清楚。

方法

我们使用转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）技术来评估分化状态和IFNγ如何影响624Mel黑色素瘤细胞的染色质结构。通过siRNA介导的MITF敲低诱导去分化，然后在ATAC-seq之前进行IFNγ刺激。数据通过nfcore/atacseq管线、DESeq2、motif富集分析、基因本体论（Gene Ontology）和KEGG通路分析进行处理。

结果

MITF的丢失和IFNγ刺激都导致了染色质可及性的显著但不同的变化。MITF敲低和IFNγ刺激均促进了染色质的开放。与我们实验室先前发布的RNA-seq数据整合后发现，MITF丢失和IFNγ刺激后染色质可及性和基因表达的调控是一致的。MITF敲低后染色质可及性改变的区域富集了与迁移相关的基因（例如：HDAC5、ITB1、NRP1），而IFNγ刺激则影响了富含炎症反应基因的区域（例如：DUSP10、HLA-E、TNC），在MITF水平较低（MITF^low）的条件下，受影响的基因数量增加了四倍。同样，IFNγ驱动的转录因子基序富集在MITF水平较低的情况下也被增强了。

结论

这些发现说明了MITF丢失在黑色素瘤中的表观遗传后果，并证明了分化状态与免疫调节基因表达之间的关联也扩展到了染色质结构上。这进一步阐明了将分化状态与黑色素瘤细胞中对IFNγ的反应联系起来的分子机制。

图形摘要