基于全基因组重测序技术，对新疆东部和北部地区双峰骆驼中与产奶性状相关的基因进行筛选

《BMC Genomics》：Screening of genes related to milk production traits in Bactrian camels in eastern and northern Xinjiang region based on whole genome resequencing technology

　　

摘要

背景

新疆的东部和北部是该地区主要的骆驼养殖区。目前，尚缺乏针对这些地区局部种群的系统性比较遗传学研究，而这些种群在全基因组水平上存在显著的表型差异。先前的研究表明，新疆东部和北部的双峰驼在产奶性状上存在显著差异。为了进一步阐明这两个地区双峰驼种群之间的遗传差异及其产奶性状的分子基础，本研究选择了106只双峰驼进行全基因组重测序——其中55只来自北部地区的三个骆驼农场，51只来自东部地区的一个农场。

结果

通过变异检测、遗传多样性分析、种群结构分析和选择信号分析，共鉴定出6,451,453个SNP（单核苷酸多态性）。北部双峰驼种群的遗传多样性略高于东部种群，总体差异较小。主成分分析和系统发育树分析表明，东部和北部的双峰驼种群可以明确区分开来。GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）富集分析显示，与北部种群相比，东部种群中的候选基因主要富集在细胞膜和甲状腺激素合成途径相关。基于三种种群间选择信号分析方法（Fst、π和XP-EHH），共鉴定出459个交叉基因，其中8个基因与产奶性状相关：DUOX1、DUOX2、CPQ、CGA、PLCG1、FYN、GNRHR和TRHR。

结论

这些基因可以作为未来分子育种的潜在标记位点。