《BMC Genomics》：Genomic insights into six dog breeds owned in India: a ddRAD sequencing approach
编辑推荐：
摘要
本研究首次对印度本土的Gaddi犬和Mudhol猎犬品种以及其他四个外来犬品种的种群结构进行了分子特征分析，并利用全基因组SNP标记发现了这些品种中的标签SNP（tag-SNPs）。共有46只犬通过双酶切限制性位点相关DNA（GBS-ddRAD）基因分型
摘要
本研究首次对印度本土的Gaddi犬和Mudhol猎犬品种以及其他四个外来犬品种的种群结构进行了分子特征分析，并利用全基因组SNP标记发现了这些品种中的标签SNP（tag-SNPs）。共有46只犬通过双酶切限制性位点相关DNA（GBS-ddRAD）基因分型技术进行了基因测序，共检测到75,811个高质量SNP。SNP数据的遗传分析显示，这些犬品种内部及品种之间存在显著的遗传变异，其中本土犬品种拥有较高比例的独特遗传变异。连锁不平衡现象可以揭示基因在染色体上的分布情况，有助于研究人员理解遗传多样性和进化关系。在六个不同犬品种中，共鉴定出2,033个标签SNP（p<10^-6），这些SNP是数据集中最具信息量的标记。这些标签SNP分布在第1至19号染色体上，某些染色体（尤其是第5号染色体Clu5: NC_051809.1）上的标签SNP数量最多（达242个）。这些发现进一步巩固了关于印度本土犬品种（Gaddi犬和Mudhol猎犬）标签SNP的研究成果，并提供了全面的基因组见解。这一知识库将有助于研究人员识别特定犬品种的分子特征，制定保护策略，并为未来针对印度犬品种的性状和疾病相关性的全基因组关联研究（GWAS）提供支持。
本研究首次对印度本土的Gaddi犬和Mudhol猎犬品种以及其他四个外来犬品种的种群结构进行了分子特征分析，并利用全基因组SNP标记发现了这些品种中的标签SNP。共有46只犬通过双酶切限制性位点相关DNA（GBS-ddRAD）基因分型技术进行了基因测序，共检测到75,811个高质量SNP。SNP数据的遗传分析显示，这些犬品种内部及品种之间存在显著的遗传变异，其中本土犬品种拥有较高比例的独特遗传变异。连锁不平衡现象可以揭示基因在染色体上的分布情况，有助于研究人员理解遗传多样性和进化关系。在六个不同犬品种中，共鉴定出2,033个标签SNP（p<10^-6），这些SNP是数据集中最具信息量的标记。这些标签SNP分布在第1至19号染色体上，某些染色体（尤其是第5号染色体Clu5: NC_051809.1）上的标签SNP数量最多（达242个）。这些发现进一步巩固了关于印度本土犬品种（Gaddi犬和Mudhol猎犬）标签SNP的研究成果，并提供了全面的基因组见解。这一知识库将有助于研究人员识别特定犬品种的分子特征，制定保护策略，并为未来针对印度犬品种的性状和疾病相关性的全基因组关联研究（GWAS）提供支持。
