一种通用、经济高效且能显著减少细菌mRNA中rRNA的方法，从而实现对mRNA的富集

《Biochemical Genetics》：A Universal, Cost-Effective, and Efficient rRNA Depletion Method for Bacterial mRNA Enrichment

原核生物mRNA富集方法开发及验证：通过RNase H和DNase I酶解去除23S/16S/5S rRNA，实现99.99%和92.84%的高效去除率，同时提升目标基因拷贝数84.50%-92.88%，方法普适性强且可定制基因特异性去除。

　　

摘要

细胞中rRNA的丰富程度使得mRNA的富集变得困难，尤其是在原核生物中，因为mRNA缺乏多聚(A)尾。已经开发了许多方法和试剂盒来富集原核生物中的mRNA，但这些方法要么具有物种特异性，要么富集效率较低，而且成本较高。本实验方案旨在通过酶消化法去除细菌的核糖体RNA。首先通过逆转录从总RNA中扩增23S rRNA、16S rRNA和5S rRNA，然后使用RNase H消化RNA，再使用DNase I消化DNA，从而富集总mRNA。通过逆转录后进行PCR验证了目标外的消化情况，并将结果与cDNA扩增产物进行了比较。RT-qPCR检测确认了rRNA和四个基因的存在，结果显示23S rRNA和16S rRNA的去除率为99.99%，5S rRNA的去除率为92.84%。富集后的样本中，norA、mecA、fib和sarA基因的mRNA拷贝数分别增加了92.88%、88.66%、85.67%和84.50%。该方法不仅经济高效，而且能够有效地从任何原核生物的总RNA中去除rRNA，并且可以通过使用相应的基因引物从RNA池中去除任何目标基因。

图形摘要

细胞中rRNA的丰富程度使得mRNA的富集变得困难，尤其是在原核生物中，因为mRNA缺乏多聚(A)尾。已经开发了许多方法和试剂盒来富集原核生物中的mRNA，但这些方法要么具有物种特异性，要么富集效率较低，而且成本较高。本实验方案旨在通过酶消化法去除细菌的核糖体RNA。首先通过逆转录从总RNA中扩增23S rRNA、16S rRNA和5S rRNA，然后使用RNase H消化RNA，再使用DNase I消化DNA，从而富集总mRNA。通过逆转录后进行PCR验证了目标外的消化情况，并将结果与cDNA扩增产物进行了比较。RT-qPCR检测确认了rRNA和四个基因的存在，结果显示23S rRNA和16S rRNA的去除率为99.99%，5S rRNA的去除率为92.84%。富集后的样本中，norA、mecA、fib和sarA基因的mRNA拷贝数分别增加了92.88%、88.66%、85.67%和84.50%。该方法不仅经济高效，而且能够有效地从任何原核生物的总RNA中去除rRNA，并且可以通过使用相应的基因引物从RNA池中去除任何目标基因。

图形摘要