光谱解混技术能够实现对活细胞中病毒蛋白和细胞蛋白的双色对相关函数进行可靠的分析

《Communications Biology》：Spectral demixing enables reliable dual color pair correlation function analysis of viral and cellular proteins in live cells

　　

摘要

配对相关函数（pair correlation function，简称pCF）是一种近年来在研究活细胞中蛋白质动态时越来越受欢迎的方法；然而，其应用仍受到方法学限制和缺乏标准化协议的制约。在这项工作中，我们优化了pCF和双色pCF分析的关键方面，证明了通过缩短采集时间可以获得可靠的结果，并减少了运动伪影。我们发现，低至1%的光谱泄漏也会产生虚假的交叉相关性，这凸显了进行严格校正的必要性。为了解决这个问题，我们提出了一种稳健的信号分离策略，该策略能够在保留真实分子相互作用的同时消除假阳性相关性。这一进展提高了在复杂活细胞环境中进行相关分析的可靠性。利用这种方法，我们研究了在poly(I:C)触发的先天免疫反应下，表达登革热病毒（DENV）NS5聚合酶的活细胞中剪接因子RBM10在核质之间的穿梭运动。我们的研究结果表明，RBM10不仅与NS5相互作用，还会在核区和细胞质区之间共同穿梭。此外，RBM10的运输受到NS5和先天免疫诱导的不同调节，进一步强调了DENV在改变宿主核运输中的作用。总体而言，这项工作将信号分离技术确立为活细胞相关分析的关键进展，并展示了其在揭示复杂宿主-病毒相互作用方面的潜力。