从喜马拉雅温泉中分离出的Bacillus paralicheniformis SuvM菌株,通过基因组挖掘和统计优化方法提高角蛋白酶的产量

《Enzyme and Microbial Technology》:Isolation, genome mining, and statistical optimization of keratinase production from Bacillus paralicheniformis SuvM from a Himalayan hot spring

【字体: 大 中 小 】 时间:2026年04月06日 来源:Enzyme and Microbial Technology 3.7

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  本研究从喜马拉雅山区Gangnani温泉分离出一株产角蛋白酶的大肠杆菌Bacillus paralicheniformis SuvM,通过全基因组测序和系统发育分析确认其分类地位。基因组注释发现携带具有典型丝氨酸蛋白酶特征(Ser-His-Asp催化三联体)的角蛋白酶基因。采用响应面法优化发酵条件,最佳参数为50℃、pH7.5、120rpm、48小时,使酶活性达425.33U/mg蛋白(约70U/mL),较未优化条件显著提高。该菌株为开发耐高温工业用角蛋白酶提供了新资源,在羽毛降解和可持续生物工艺中具有重要应用前景。

  
马诺杰·库马尔(Manoj Kumar)|安贾莉·潘瓦尔(Anjali Panwar)|拉杰·库马尔·蒂瓦里(Raj Kumar Tiwari)|苏文杜·曼纳(Suvendu Manna)
印度德赫拉敦(Dehradun)北方邦理工学院(UPES)健康科学集群微生物学系,邮编248007

摘要

在本研究中,从印度北阿坎德邦(Uttarakhand)甘加纳尼(Gangnani)的一个温泉中分离出一种能够产生角蛋白酶的细菌。通过对该细菌的全基因组测序和系统发育分析,确定其为Bacillus paralicheniformis SuvM(JBQZRG000000000)。基因组注释显示,该细菌含有一个假定的角蛋白酶基因,该基因包含信号肽、抑制剂I-9区域以及肽酶S8的催化结构域,这些特征属于丝氨酸蛋白酶家族,分子量为38.867 kDa。粗酶提取物的角蛋白分解活性最高,达到425.33 U/mg蛋白质(约70 U/mL)。为了提高酶的产量,采用了响应面法(Response Surface Methodology, RSM)对温度、pH值、培养时间和搅拌速度等工艺参数进行了优化。得到的二次模型具有小于0.0001的统计显著性,并且决定系数(R2 = 0.98),表明该模型在预测优化方面具有很好的稳健性。交互作用分析表明温度和pH值之间存在协同效应,最终确定的最佳条件为50°C、pH 7.5、120 RPM和48小时。在这些条件下,角蛋白酶的活性明显高于未优化的对照组。Bacillus paralicheniformis SuvM是一种具有潜力的嗜热角蛋白酶来源,其优化后的生产工艺可用于羽毛降解、废物转化和可持续生物过程,因此值得进一步探索温泉中的微生物作为工业重要酶的来源。

引言

羽毛、羊毛、头发和指甲等角蛋白废弃物在禽类和皮革工业中产生量巨大[1]。由于角蛋白结构的高度交联,使其难以被常规蛋白酶分解,这些废弃物中的蛋白质资源尚未得到充分利用[2]。微生物产生的角蛋白酶(EC 3.4.-.-)是一种专门的蛋白酶,能够分解角蛋白并将其转化为可溶性肽和氨基酸[3]。这种酶为废物转化、动物饲料生产以及生物技术应用(如皮革加工、洗涤剂制备和肽合成)提供了更环保的途径[4]。最近的研究强调了角蛋白酶的巨大工业潜力,以及通过蛋白质工程和工艺优化提高其活性和稳定性的研究进展[2],[4],[5]。
对于需要高温或恶劣操作条件的工业过程来说,耐热且稳定性强的角蛋白酶尤为重要[6]。通常从温泉等地热环境中分离出的嗜热和耐热细菌是这类酶的重要来源,因为它们的蛋白质在较高温度下仍能保持良好的热稳定性和活性[7],[8],[9]。对印度喜马拉雅温泉及全球地热区域的调查表明,温泉是多种嗜热细菌的栖息地,其中许多细菌携带多种具有工业价值的酶,包括蛋白酶和角蛋白酶[10],[11],[12]。因此,对地热区域进行采样是发现具有理想生化特性的新型角蛋白酶菌株的有效方法。
与Bacillus属相关的细菌是最常报道的角蛋白酶生产者之一;在近期研究中,Bacillus paralicheniformis被证明是一种具有高蛋白分解活性的强效角蛋白酶,适用于羽毛降解和其他生物过程[13]。新鉴定的B. paralicheniformis菌株表现出良好的角蛋白酶产量和适宜的生化特性,使其成为下游优化和规模扩大的理想候选菌种[14]。
在分子层面,细菌角蛋白酶主要属于丝氨酸蛋白酶家族,其特征是具有保守的催化三联体(Ser–His–Asp),该结构负责肽键的水解[15]。角蛋白的分解过程通常分为两个步骤:(i)通过微生物还原剂或辅助酶还原角蛋白的二硫键,使其结构变得松弛;(ii)随后由角蛋白酶对多肽骨架进行水解[16]。与非角蛋白酶丝氨酸蛋白酶相比,角蛋白酶具有更大的底物结合口袋和暴露在表面的残基,这有助于其与高度交联和疏水性的角蛋白结构有效结合[17],[18]。早期的突变研究表明,底物结合口袋的变化会影响酶的催化活性和底物选择性。然而,极端环境下的角蛋白酶表现出更高的活性和稳定性,这归因于多种结构适应性改变,包括改进的疏水相互作用、优化的自我桥接网络以及表面灵活性的提升[19],[20]。
优化发酵和培养条件对于提高角蛋白酶产量并确定后续规模化生产的操作参数至关重要。实验的统计设计,特别是响应面法(RSM)及其相关设计(如Box–Behnken和Central Composite设计),被广泛用于量化因素间的相互作用、高效确定最佳条件并提供过程控制所需的预测模型[21],[22]。最近的角蛋白酶研究通常结合RSM与验证实验和可行性分析,以确定温度、pH值、培养时间和通气/搅拌条件的最佳组合,从而提高酶的生产效率[21]。
本研究从印度北阿坎德邦甘加纳尼温泉中分离出一种角蛋白酶产生菌GS3,鉴定为Bacillus paralicheniformis SuvM(JBQZRG000000000),并利用Box–Behnken RSM设计对其角蛋白酶生产过程进行了优化。本研究整合了分子鉴定、粗酶特性分析以及基于RSM的工艺参数优化(温度、pH值、培养时间和搅拌速度),并通过可行性分析验证了优化效果。通过利用来自喜马拉雅温泉的耐热Bacillus菌株并应用现代优化技术,本研究旨在开发一种高产量的工业用角蛋白酶生产工艺,并扩充可用于生物技术的角蛋白酶资源库。

章节摘录

细菌的分离与筛选

样品取自印度北阿坎德邦乌塔拉卡希(Uttarakashi)地区甘加纳尼(Gangnani)温泉。该地区地理位置为北纬30.9211°,东经78.6767°,海拔2100米。水样收集在无菌塑料瓶中,沉积物样本则装入密封塑料袋中[23]。对温泉水的温度、pH值和电导率(EC)进行了分析。

角蛋白酶生产菌的筛选

从收集的水样和土壤样本中纯化了20株细菌,并对其角蛋白酶生产能力进行了初步筛选。其中5株细菌在角蛋白酶琼脂培养基上生长,并表现出产生肽酶的能力。初步筛选后,这些菌株在羽毛培养基上进行了进一步筛选,随后通过羽毛降解实验和酪氨酸检测方法进行了酶活性检测。GS3菌株表现出最高的酶活性。

讨论

本研究从印度北阿坎德邦甘加纳尼温泉中成功分离出一种能产生角蛋白酶的细菌,并通过全基因组测序和系统发育分析将其鉴定为Bacillus paralicheniformis SuvM(JBQZRG000000000)。基因组分析证实该细菌含有编码角蛋白酶的基因,该基因包含保守的丝氨酸蛋白酶催化三联体(Ser–His–Asp),为该菌的角蛋白分解能力提供了强有力的分子证据[28],[29]。

结论

本研究从印度北阿坎德邦甘加纳尼温泉中分离出一种能产生角蛋白酶的细菌Bacillus paralicheniformis SuvM,并通过全基因组测序和系统发育分析验证了其角蛋白分解能力。该细菌含有编码角蛋白酶的基因,该基因包含保守的丝氨酸蛋白酶催化三联体(Ser-His-Asp),进一步证明了其在角蛋白分解中的作用。然而,仍需进一步研究以深入探讨其生物特性。

未引用的参考文献

[42], [43], [44]

CRediT作者贡献声明

苏文杜·曼纳(Suvendu Manna):撰写 – 审稿与编辑、初稿撰写、验证、监督、概念构思。拉杰·库马尔·蒂瓦里(Raj Kumar Tiwari):撰写 – 审稿与编辑、监督。安贾莉·潘瓦尔(Anjali Panwar):初稿撰写。马诺杰·库马尔(Manoj Kumar):撰写 – 审稿与编辑、初稿撰写、数据分析、概念构思。

利益冲突

作者声明不存在可能影响本文研究的财务利益冲突或个人关系。

致谢

MK感谢北方邦理工学院(UPES)提供的博士研究奖学金支持。
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