针对自动化细胞培养系统:一种高速图像迁移及基于先验知识的网络技术,用于在明场显微镜下实现高精度的细胞监测

《Engineering Applications of Artificial Intelligence》:For automated cell culture systems: A high-speed style-transfer and prior-guided network for high-precision cell monitoring in bright-field microscopy

【字体: 大 中 小 】 时间:2026年04月09日 来源:Engineering Applications of Artificial Intelligence 8

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  细胞培养自动化监控中,基于轻量级BF到PC风格迁移网络LW-P2P和语义分割模型MA-TPP Net,提出融合亮度中心化与多准则优化的图像增强方法,以及结合纹理先验提示和混合注意力机制的分割策略,实现低对比度图像中细胞形态的高精度分割与实时分析,误差降低至0.95%,速度达10FPS,并在实际系统中验证。

  
Jing Meng|Xiaolin Zhang|Jue Hou|Sumin Qi|Fei Ma|Zenan Wang|Dengwang Li
中国山东省曲阜师范大学计算机科学学院医学物理与图像处理重点实验室,日照市,276826

摘要

明场(BF)显微镜常用于空间受限的自动化培养系统中的细胞生长监测,但其较低的图像对比度和多样的细胞形态限制了成像清晰度和汇合分析的准确性。为了解决这个问题,本研究提出了一种轻量级的明场到相位对比(PC)风格转换网络(LW-P2P),该网络通过亮度中心化方法和多标准优化策略实现了快速且稳健的对比度增强。在此基础上,开发了一种MA-TPP分割网络,它结合了纹理先验提示(TPP)和混合注意力机制(MA),显著提高了对低对比度和晕圈影响区域的识别能力,并实现了完全自动化的汇合计算。在四个数据集上进行评估,这些数据集涵盖了五种细胞系,在不同的密度和离焦条件下,LW-P2P将信噪比提高了21.02%,并且推理速度比现有最先进方法快8×

引言

细胞培养是研究细胞分化、疾病机制和再生医学的重要模型。在自动化细胞培养系统中,实时、高质量地监测细胞生长和准确估计汇合情况至关重要——这两者都依赖于基于图像的分析(Trounson和McDonald,2015年;Melocchi等人,2025年)。目前,明场(BF)显微镜由于其温和的照明、低成本和紧凑的设计而被广泛用于长期活细胞观察。然而,其有限的对比度和分辨率使得难以清晰地观察透明或未染色的细胞,从而导致图像质量不佳和汇合分析的准确性降低(Selinummi等人,2009年;Asha等人,2023年)。相比之下,相位对比(PC)显微镜无需染色即可增强透明样本的可视化效果。然而,它需要精确的光学对准,涉及相对笨重的硬件,并且缺乏多通道检测能力,这限制了其集成到复杂的自动化细胞培养系统中。因此,如果可以通过基于软件的方法将BF图像转换为类似PC的图像,就可以有效地整合这两种成像模式的互补优势,从而在观察过程中提高视觉清晰度,并提高下游定量分析(如传代决策和细胞汇合估计)的准确性。
近年来,基于深度学习的方法在BF到PC的图像转换方面取得了显著进展。然而,现有方法对离焦伪影的鲁棒性仍然有限——尤其是在远焦条件下——并且通常在实时应用中的推理速度不足。加速这些模型往往会影响图像质量,形成了速度与保真度之间的权衡。此外,在图像风格转换过程中保持细胞形态的一致性仍然至关重要,因为结构扭曲可能会将错误传播到下游任务(如细胞分割)中。
除了图像风格转换之外,准确的细胞分割也是自动化细胞培养系统中的另一个关键任务,它是后续分析的基础。尽管取得了实质性进展,现有的分割方法仍然面临重大挑战,包括晕圈伪影、低对比度和不规则的细胞形态。这些问题在干细胞成像中尤为突出,其中不规则的形状和模糊的边界经常共存,大大增加了分割难度。传统方法通常依赖于手工制作的特征,并需要大量的参数调整,这使得它们对成像条件非常敏感。虽然基于深度学习的方法提高了分割精度,但它们仍然难以精确地勾勒出模糊的区域。此外,监督方法严重依赖于大型标注数据集,而弱监督或无监督方法通常在低对比度区域的精度较低。因此,在分割精度、鲁棒性和低标注依赖性之间取得平衡仍然是一个未解决的挑战。
为了解决BF到PC转换和细胞分割中的上述挑战,本研究提出了一个集成框架,该框架结合了高速、稳健的风格转换模型和通用的细胞分割模型。具体来说,开发了一种轻量级的pix2pix变体(LW-P2P),用于明场和相位对比图像之间的实时风格转换,在保持对灰度变化和离焦条件鲁棒性的同时实现快速推理。在此基础上,引入了一种名为MA-TPP的语义分割模型,该模型结合了混合注意力机制(MA)和纹理先验提示(TPP),以在不同图像特征(包括不规则的细胞边界、晕圈伪影和模糊区域)上实现高分割精度。
本研究的主要贡献总结如下:
(1) 在开发的LW-P2P中,采用了深度可分离卷积来将生成器参数减少了91.33%;提出了一种亮度中心化方法来增强对灰度变化的鲁棒性;并设计了一个多标准损失函数以确保在不同离焦条件下的稳定性能。
(2) 在开发的MA-TPP网络中,提出的TPP利用梯度派生的特征来提高对与背景强度相似的模糊细胞区域的识别能力。结合混合注意力机制,该模型实现了对不规则细胞边界和受晕圈伪影影响区域的精确分割。
(3) 在涵盖五种细胞系的四个数据集上的全面评估表明,LW-P2P在不同细胞密度、照明条件和离焦距离下具有很好的泛化能力。它实现了每秒10帧的高分辨率图像的实时处理。
(4) 在涵盖六种细胞类型的三个多样化数据集上的实验证实了MA-TPP网络在分割具有微妙区域和复杂形态的细胞图像方面的优越性能。MA-TPP网络将细胞汇合误差(ECC)降低到了0.95%,比从明场图像计算出的ECC提高了82.34%。
开发的模型已成功应用于中国济南Tronz Biomedical Engineering Pte. Ltd.的细胞培养系统中,满足了实时观察的速度要求和细胞汇合计算的准确性需求。
本文的其余部分组织如下。第2节回顾了相关工作。第3节介绍了所提出的方法论,包括整体网络架构和关键设计组件。第4节描述了本研究中使用的数据集和模型优化策略。第5节报告了定量和定性结果。第6节讨论了所提出方法的假设,并进一步阐述了超参数选择策略,以及通过多个随机种子验证的模型稳定性。最后,第7节总结了主要贡献并概述了未来研究的方向。

章节片段

细胞图像的风格转换

尽管数量有限,但已有几种基于深度学习(DL)的方法被报道用于细胞培养成像中的BF到PC风格转换。早期的尝试使用了CycleGAN来进行两种成像模式之间的风格转换(Liu等人,2021年)。然而,这种方法的有效性有限,仅在焦点清晰的图像上表现良好,而在离焦数据上则效果不佳。为了解决这一限制,Yang等人(2022年)引入了一个集成了收集-激发模块的

提出的方法论

图1展示了自动化细胞培养系统中明场(BF)到相位对比(PC)风格转换及随后语义分割的系统架构的总体流程图。具体来说,首先使用传统的明场显微镜获取BF图像。然后这些图像被输入到LW-P2P的生成器中,将BF图像转换为类似PC的图像,以增强细胞形态的可视化效果。生成的PC图像随后

数据集描述

本研究使用了三个自构建的细胞图像数据集来训练和评估深度学习模型。所有数据集都是使用中国山东省济南Tronz Biomedical Engineering Pte. Ltd.开发的自动细胞培养系统获取的。有关数据采集过程的详细信息可以在Wang等人(2021年)的论文中找到。
数据集-1:该数据集包含使用倒置明场显微镜从培养瓶中收集的干细胞图像(Wang等人

数据集-1上的风格转换实验结果

首先在数据集-1上进行了实验,以评估所提出的LW-P2P风格转换网络的性能。选择了三个焦点清晰的明场细胞图像,分别具有低、中、高的细胞密度,并在图6的第二列中展示,它们的风格转换结果显示在第三列中。考虑到成像过程中的镜头抖动可能导致离焦,第五和第七列展示了离焦30μ

讨论

现有的从BF到PC的细胞图像风格转换研究通常假设相对理想的成像条件(如焦点清晰),并且现有的细胞分割模型通常难以清晰地勾勒出复杂的细胞边界,并在细胞内强度与背景接近的区域准确识别细胞。为了解决这些限制,本研究提出了一种自动化细胞培养系统架构,该架构集成了轻量级的风格

结论

本研究提出了一个集成的深度学习框架,用于自动化细胞培养系统,该框架结合了实时的明场到相位对比风格转换、高精度的细胞分割和随后的汇合估计。开发了一种轻量级的风格转换网络LW-P2P,以实现不同成像条件下的实时、高清晰度细胞观察。所提出的方法对离焦程度、细胞类型和信号的变化表现出很强的鲁棒性

CRediT作者贡献声明

Jing Meng:写作——审阅与编辑,撰写原始草稿,监督,资源管理,项目管理,方法论,概念化。Xiaolin Zhang:撰写原始草稿,可视化,验证,软件,方法论,调查,数据管理。Jue Hou:形式分析,数据管理。Sumin Qi:项目管理,概念化。Fei Ma:监督,项目管理,概念化。Zenan Wang:写作——审阅与编辑,撰写原始草稿,

利益冲突声明

作者声明他们没有已知的竞争性财务利益或个人关系可能会影响本文报告的工作。

致谢

本研究得到了广东省重点领域研究与发展计划(2022B1111010003)、国家自然科学基金(62273329 和 W2532050)、济南创新团队项目(编号 202333009)、山东省重大科学技术创新项目(2021CXGC010603 和 2024ZLGX01)、深圳市重点基础研究计划(JCYJ20220818101408019)、深圳市重点实验室项目(资助编号 ZDSYS201707271637577)和山东省
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