通过联合扩增子测序和靶向检测技术，揭示了泰国香米中细菌性叶枯病与种子相关细菌群落之间的关联

《Journal of Plant Diseases and Protection》：Association of bacterial leaf blight with seed-associated bacterial communities in Thai fragrant rice revealed by combined amplicon sequencing and targeted detection

　　

摘要

了解与水稻种子相关的细菌群落对于评估有益微生物和潜在病原体至关重要。在本研究中，采用了16S rRNA基因扩增子测序和物种特异性PCR检测方法，来研究从稻田中采集的泰国香米品种Khao Dawk Mali 105（KDML105，易感细菌性叶枯病BLB）和Pathum Thani 1（PTT1，中度抗性）种子中的细菌群落。同时分析了Xanthomonas oryzae pv. oryzae（Xoo）感染对KDML105种子相关细菌群落的影响。主要的细菌属包括Pantoea、Pseudomonas、Methylobacterium-Methylorubrum、Xanthomonas以及Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium。在两种水稻品种的种子样本及PTT1的可培养附生菌中，Pantoea占主导地位；而在两种品种的内共生菌群中，Pseudomonas是最丰富的可培养细菌。α多样性和β多样性分析表明，BLB感染影响了细菌群落的组成，KDML105的物种丰富度高于PTT1。未感染种子中富含Kosakonia、Paenibacillus和Deinococcus，而BLB感染种子中则较多地存在Acidovorax、Mycobacterium和Williamsia。物种特异性检测证实了BLB感染KDML105种子中存在Xoo，并且在所有样本中都检测到了多种Pantoea物种。重要的是，16S rRNA扩增子测序在物种水平上鉴定出了Burkholderia glumae，这一结果通过物种特异性引物得到了进一步验证。这些发现证明了将16S rRNA基因扩增子测序与物种特异性PCR结合使用，能够全面分析易感和中度抗性水稻品种种子相关的微生物群落，并揭示了病原菌与潜在有益细菌的共存现象，这为进一步研究它们在水稻健康和抗病性中的作用提供了依据。