通过单细胞分子分型技术，揭示了人类基底样乳腺癌肿瘤内部的异质性

《Communications Medicine》：Intratumor heterogeneity in human basal like breast cancer is revealed by single cell molecular subtyping

　　

摘要

背景

乳腺癌是一种在分子水平上具有异质性的疾病，由多种内在亚型组成。最近的研究强调了乳腺癌在组织内的显著异质性，即不同内在亚型的恶性细胞共同存在于同一肿瘤中。然而，大多数现有的亚型分类方法都是针对大量转录组数据设计的，因此在单细胞分辨率下解析这种组织内异质性的能力有限。

方法

我们开发了UBS93这一计算框架，它能够对大量肿瘤样本及单个乳腺癌细胞进行准确的分子亚型分类。我们严格验证了UBS93的功效，并证明其在识别高度侵袭性的Claudin-low亚型方面优于现有方法。

结果

将UBS93应用于人类基底样乳腺癌的单细胞RNA测序数据后，我们发现同一肿瘤中同时存在基底样癌细胞和Claudin-low癌细胞——这种组织内异质性此前仅在具有基因工程改造的RAS通路突变的小鼠模型中被观察到。进一步的分析表明，Claudin-low癌细胞起源于基底样癌细胞群，而转录因子ELF3的下调在基底样细胞向Claudin-low细胞的转变过程中起着关键作用。

结论

我们的研究结果证实了UBS93作为乳腺癌亚型分类工具的强大能力，并揭示了人类基底样乳腺癌中的组织内异质性。