利用分子印迹纳米粒子识别技术和表面等离子体共振技术,实现血清中miRNA-21癌症标志物的一步检测

《Analytica Chimica Acta》:One-Step Detection of miRNA-21 Cancer Marker in Serum using Molecularly Imprinted Nanoparticle Recognition and Surface Plasmon Resonance

【字体: 大 中 小 】 时间:2026年04月14日 来源:Analytica Chimica Acta 6

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  纳米分子印迹聚合物(nanoMIPs)无标记检测miRNA-21的研究,通过表面等离子共振(SPR)技术验证其高选择性(Kd低至nM/pM)和血清中理论检测限0.49 pM,为早期癌症诊断提供新工具。

  
埃莉·昂温(Ellie Unwin)|阿曼达·曼索·佩纳(Amanda Manso Pena)|尼古拉斯·W·特纳(Nicholas W. Turner)|达姆拉·乌尔克(Damla Ulker)
基尔大学(Keele University)莱纳德-琼斯化学与物理科学学院(Lennard-Jones School of Chemical and Physical Sciences),斯塔福德郡(Staffordshire),邮编ST5 5BG,英国(UK)

摘要

背景

在癌症早期阶段快速、一步检测癌症标志物对于提高治疗效果和生存率至关重要。miRNA-21是在实体瘤和血液系统恶性肿瘤中最常上调的微小RNA(microRNA),其与不良预后和低生存率相关。因此,在早期阶段检测到它非常重要,理想情况下应使用快速、简单的方法,并具有较低的检测限。目前的方法通常需要复杂的技术和标记才能检测到miRNA。

结果

在这里,我们展示了纳米级分子印迹聚合物(nanoMIPs)可以在不进行标记的情况下选择性地、灵敏地检测miRNA-21。nanoMIPs是通过固相聚合反应合成的。5’端带有荧光素的miRNA-21模板分子通过磷酸酰亚胺唑烷化学方法连接到功能化的玻璃珠上。选择性的功能单体/交联剂用于生成基于静电和离子相互作用的选择性nanoMIPs。对这些nanoMIPs进行了物理化学性质及其与目标分子相互作用的表征。然后使用这些nanoMIPs进行了miRNA-21的检测研究,探讨了其在缓冲液和血清中的亲和力和选择性。结果显示,高亲和力的材料(平衡解离常数KD在nM/pM范围内)具有高选择性,当与SPR传感器结合时,计算出的miRNA-21的理论最低检测限(LOD)为0.49 pM。

意义

这项工作为使用nanoMIPs开发特异性miRNA-21识别材料提供了新的视角。nanoMIPs有可能成为在复杂基质中进行早期癌症诊断的有前景的工具。

引言

微小RNA(miRNAs)是非编码的核糖核酸(RNAs),在进化过程中形成,长度约为10-20个核苷酸。miRNAs通过促进转录本降解或抑制信使RNA的翻译来在转录后水平上负调控基因表达[1]、[2]。miRNAs可以调节多种生理功能,如发育、细胞分化、细胞增殖和细胞凋亡,并存在于多种组织样本和体液中[3]、[4]、[5]。
最近的研究表明,miRNAs可以在某些类型的癌症中防止细胞死亡[6]、[7]。miRNAs的上调程度也与多种癌症类型的生存率相关,包括肺癌、乳腺癌和胃癌[3]、[8]、[9]。然而,miRNAs的异常表达也与多种癌症类型、神经系统和自身免疫疾病以及心肌梗死的抑制和进展有关[6]、[10]、[11]、[12]、[13]。miRNAs具有两种不同的特征:作为肿瘤抑制因子或致癌基因;例如miRNA-34、miRNA-let7、miRNA-143等miRNAs可以作为肿瘤抑制因子下调癌细胞,而miRNA-21、miRNA-373、miRNA-15a、miRNA-16-1等致癌miRNAs则由于肿瘤抑制基因的下调而上调[4]、[14]、[15]。因此,miRNA生物标志物的存在程度与癌症的严重程度相关[5]、[14]。
研究表明,miRNA-21是在实体瘤和血液系统恶性肿瘤中最常上调的miRNA,这些癌症预后和生存率较差,而且它还参与肿瘤抑制基因(如Tropomyosin 1 (TPM1)、磷酸酶和TENsin同源物(PTEN)以及程序性细胞死亡4(PDCD4)的肿瘤发生调节[16]、[17]、[18]。因此,miRNA-21与多种活动相关,包括细胞侵袭、增殖、迁移、凋亡和化疗耐药性[7]、[19]、[20]、[21]、[22]。
准确且灵敏地检测miRNAs对于根据表达组织确定癌症类型具有诊断和预后价值[23]、[24]。然而,由于细胞中miRNA的水平较低以及所检测分子的大小很小,使用低灵敏度技术时,检测miRNA目前具有挑战性[25]。
已经实施了多种方法来实现miRNAs的灵敏、选择性和高通量检测。这些方法基于电化学方法、光学方法、逆转录定量聚合酶链反应(qRT-PCR)、数字PCR、Northern Blot和高通量测序[4]、[26]、[27]、[28]。例如,黄(Huang)及其同事使用无酶DNA传感器实现了高灵敏度和选择性的检测,但他们的检测探针基于DNA。尽管他们的方法有望检测miRNA-21,但该系统依赖于天然DNA,且发夹探针仅稳定8小时[23]。同样,陈(Chen)及其同事报告了另一种单链-双链DNA依赖的探针,并使用Ti3C2纳米片进行荧光共振能量转移检测[29]。李(Li)及其同事也报道了两种发夹结构H1和H2以及纳米颗粒(AuNPs)杂交探针用于mRNA-21的检测[30]。尽管这些方法显示了从fM到pM的检测限,但这些识别探针需要大量纯化的样本和较长的孵育时间,以及标记过程,制备和分析耗时[23]、[25]、[29]、[30]、[31]、[32]、[33]、[34]、[35]。亨特(Hunt)开发了一种基于ssDNA-21探针的电化学生物传感器,并使用金喷墨打印技术在光纸上沉积金纳米颗粒。他们还使用了1000倍的稀释度以避免基质效应并获得低检测限。尽管这项工作的检测限在飞摩尔范围内,但生物传感器的稳定性仅限于一个月[36]。正如这些工作所强调的,稳定性是一个主要问题。当前检测技术的这些局限性需要新的方法来在实际样本中检测miRNA-21。可持续的合成识别材料可以克服现有miRNA系统的这些缺点。
分子印迹聚合物(MIPs)是miRNA检测的一个有吸引力的替代方案,因为它们具有高稳定性、成本效益、3R特性(可重复性、可制造性和可适应性),并且能够针对特定分析物进行定制[37]、[38]、[39]、[40]。MIPs可以利用模板分子产生与目标分子的大小、形状和附加功能基团相匹配的结合位点。这一过程涉及使用交联剂与功能单体结合(通常通过氢键、范德华力和偶极-偶极相互作用非共价地)围绕模板分子形成聚合物矩阵,其中模板识别复合物被包裹在内。然后去除模板,由于颗粒的交联结构,分子印迹聚合物矩阵和结合口袋保持完整[41]。
MIPs目前应用于多种生物领域,包括酶联检测、传感器、体内应用、药物递送和癌症诊断,适用于多种生物模板,如药物、蛋白质、肽、脂质、氨基酸、病毒和细胞。然而,针对核酸的识别应用尚未得到广泛探索[38]、[42]、[43]、[44]、[45]、[46]、[47]、[48]、[49]、[50]、[51]、[52],其中miRNA-21作为目标的情况较少,可能是因为靶向单链核酸序列的难度较大[41]。克兰兹(Kranz)及其同事开发了一种基于肽核酸聚合物(PNA)的电化学传感器,虽然提供了所需的灵敏度(pM级别检测),但合成过程复杂且成本较高[53]。努拉伊(Nouraee)及其同事开发了涂有MIP的硅胶珠用于样品分离,但他们的检测仍需要qRT-PCR进行测量[54]。
开发针对miRNA-21的MIPs可以提供成本效益高且可靠的快速检测方法,从而有助于早期发现疾病,从而可能提高治疗效果和生存率。
表面等离子体共振(SPR)是一种实时的、无标记的光学生物传感方法,适用于监测生物分子相互作用,包括抗原-抗体、蛋白质-蛋白质和小分子相互作用。SPR即使对于低分子量的化合物也能提供高灵敏度,并且所需的样品制备最少[25]、[42]。因此,它被认为是配体-靶标分析的行业标准。过去十年中,便携式SPR系统已经上市,使其成为临床应用的强大工具。杜布瓦(Dubois)及其同事使用SPR传感器方法检测血浆中的免疫球蛋白A,并报告了在稀释血浆中的检测限为400 ng/mL-1[55]。余(Yu)及其团队开发了便携式SPR传感器,用于检测纳摩尔浓度的人类IgG。他们的方法展示了低成本、高性能和可扩展检测的潜力[56]。在这方面,SPR也成为一步、灵敏、快速、实时、无标记的生物标志物检测的吸引人的选择[25]、[39]、[57]、[58]。杰贝利(Jebelli)及其同事研究了基于金属纳米颗粒标记和无标记检测的方法,使用SPR、ELISA和电化学传感器。根据他们的比较分析,无标记SPR允许实时动力学、高灵敏度、定量、动力学/亲和力提取;具有强大的分析控制能力,而ELISA检测需要标记和多步骤工作流程,电化学检测通常需要标记并带来校准挑战;还有基质效应[25]。李(Li)及其同事讨论了基于DNA探针的miRNA检测,使用层流SPR并报告了无需荧光标记的高灵敏度和选择性[58]。科恩(Corn)团队报告了两种不同的研究,使用纳米颗粒和DNA探针进行miRNA检测,具有有效且超灵敏的SPR测量[59]。青木(Aoki)及其同事还使用DNA丙烯进行基于SPR成像的微RNA检测,用于酶信号传导[60]。迄今为止,还没有人将SPR与MIPs结合用于miRNA-21的检测。
在这项研究中,我们使用miRNA-21 MIPs研究了miRNA-21的检测,以开发一种一步、快速、成本效益高的方法,用于这种关键癌症标志物的早期检测,实现无需样品制备的直接测量。我们介绍了一种简单的合成和表征方法,通过固相方法制备miRNA-21印迹纳米级MIPs[39]。使用动态光散射(DLS)确定了nanoMIPs的物理化学性质;通过表面ζ电位(ζ)测量和圆二色性(CD)研究了miRNA-21与nanoMIPs之间的相互作用。结合SPR进行的结合亲和力和选择性研究表明,这些miRNA-21印迹nanoMIPs不仅能够实现直接、灵敏、无标记的定性分析(理论LOD为0.49 pM),还能在胎儿牛血清(作为不稀释的模型基质)中实现快速(1小时)检测。这种方法代表了使用MIP技术和光学生物传感器设备进行早期癌症检测的重要一步。

材料

氢氧化钠(NaOH)和1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)碳二亚胺(EDC)从Thermo Scientific(英国)购买。乙醇、丙酮、无水甲苯、氨基丙基三甲氧基硅烷(APTMS)和乙二胺四乙酸(EDTA)以及盐酸(HCl)从Sigma-Aldrich(英国)购买。咪唑从Fluorochem Ltd.(英国)购买。
用于聚合的N-(3-氨基丙基)甲基丙烯酰胺盐酸盐(NAMPA)和N-异丙基丙烯酰胺(NIPAm)以及丙烯酸(AA)也来自相应供应商

结果与讨论

miRNA-21印迹nanoMIPs是使用已建立的固相聚合方法(图1)合成的,该方法最初由Piletsky开发,并由其他人进一步改进[37]、[39]、[61]。简要来说,玻璃珠在4M NaOH溶液中活化。活化的玻璃珠用去离子水清洗,然后用丙酮进一步清洗,并在80°C下干燥3小时。之后,将APTMS施加到玻璃珠表面以获得NH2基团。

结论

使用相对较长的miRNA-21核苷酸序列作为目标序列,通过固相聚合制备了miRNA-21印迹纳米级MIPs。流体力学尺寸和尺寸分布表明,nanoMIPs在水介质和PBS中的大小约为200纳米。ζ电位和CD研究表明,miRNA-21序列可以与印迹MIPs相互作用,这种相互作用可以改变miRNA-21的表面电荷和分子结构。

CRediT作者贡献声明

尼古拉斯·W·特纳(Nicholas W. Turner):撰写 – 审稿与编辑,撰写 – 原稿,监督,资金获取,方法学。达姆拉·乌尔克(Damla Ulker):撰写 – 审稿与编辑,撰写 – 原稿,监督,方法学,资金获取,概念化,正式分析,项目管理。埃莉·昂温(Ellie Unwin):撰写 – 原稿,研究,正式分析。阿曼达·曼索·佩纳(Amanda Manso Pena):撰写 – 原稿,研究,正式分析

利益冲突

作者声明与本研究无关任何利益冲突。

数据可用性

支持本研究结果的数据可应要求直接从相应作者处获得。
为了实现开放获取,作者已将任何接受的作者手稿版本应用于Creative Commons Attribution (CC BY)许可协议。

关于生成式AI使用的声明

在准备本手稿或获取数据过程中未使用任何AI工具。

利益冲突声明

? 作者声明他们没有已知的利益冲突或个人关系可能影响本文所述的工作。

致谢

本工作得到了Wellcome Trust Summer(GN: 220232/Z/20/Z)奖学金计划、谢菲尔德大学研究生研究基金以及EPSRC资助的EP/V056085/2项目的支持。
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