淋巴样肿瘤的下一代测序技术：来自临床应用的真实价值

《Human Pathology》：Next-Generation Sequencing for Lymphoid Neoplasms: Real-World Utility from a Clinical Assay

靶向测序在淋巴瘤临床中的应用及价值评估。通过对384例样本的回顾性分析，发现不同基因检测面板在预后评估（59.4%病例）、治疗预测（32.6%）、诊断辅助（9.4%）等方面具有临床意义，特别是在CLL/SLL、MCL等亚型中表现突出。

　　

传晨|科迪·J·阿蒂米尤克|塔尼娅·L·施瓦布|安德鲁·L·费尔德曼|德拉甘·耶夫雷莫维奇|艾伦·D·麦克菲尔|凯伦·L·雷奇|大卫·S·维斯瓦纳塔|保罗·J·汉佩尔|王宇才|何蓉|丽贝卡·L·金

美国明尼苏达州罗切斯特市梅奥诊所实验室医学与病理学系

摘要

尽管下一代测序（NGS）已成为髓系肿瘤的标准诊疗方法，但淋巴瘤NGS（LNGS）在临床应用中的有效性尚未得到充分证实。本研究旨在记录LNGS检测在实际诊疗中的使用情况，并评估其预后预测和诊断价值。共回顾了384例病例的病理报告，其中121例接受了有限B细胞淋巴瘤检测（25个基因），183例接受了扩展B细胞淋巴瘤检测（46个基因），80例接受了T细胞淋巴瘤检测（22个基因）。样本类型包括170例（44.3%）骨髓样本、120例（31.3%）外周血样本和93例（24.2%）石蜡包埋组织样本。在384例中，248例（64.6%）存在至少一种基因突变；排除已知为淋巴瘤阴性的样本后，这一比例上升至245例（70.6%）。最常见的淋巴瘤类型为慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤（SLL/CLL，40.6%）和套细胞淋巴瘤（MCL，9.6%）。在384例中，228例（59.4%）的检测结果具有预后价值；125例（32.6%）的检测结果有助于预测对特定治疗的反应或耐药性；36例（9.4%）的检测结果有助于病理学家对疾病进行分类或做出更明确的诊断。LNGS检测在CLL/SLL和MCL的预后评估中最为有用，在血管免疫母细胞淋巴瘤和毛细胞白血病中具有诊断价值，在淋巴浆细胞淋巴瘤中兼具诊断和预后评估作用，在滤泡性淋巴瘤和T/NK细胞大颗粒淋巴瘤中则同时具有这两种作用。虽然临床指南尚未广泛采用LNGS检测，但当由临床医生和病理学家精心设计并选择合适的检测项目时，大多数检测结果能够为优化临床管理提供有价值的预后和预测信息。随着LNGS检测的进一步应用和普及，其诊断价值有望进一步提升。

引言

下一代测序（NGS）基因组分析，特别是针对高频突变基因的靶向检测面板，已在髓系恶性肿瘤的临床评估中得到常规应用，为诊断、风险分层和治疗决策提供了关键信息¹。然而，NGS在淋巴瘤中的应用尚不成熟，目前的淋巴瘤分类主要基于临床、形态学、免疫表型和细胞遗传学特征。

随着NGS技术的普及，除了极少数罕见亚型外，文献中已详细描述了淋巴瘤的遗传改变情况。在淋巴瘤中，具有疾病定义意义的突变较为罕见，例如MYD88 L265P突变在90%以上的淋巴浆细胞淋巴瘤（LPL）中存在，而BRAF V600E突变在90%以上的毛细胞白血病（HCL）中存在^{2, 3, 4}，但这些突变并不具有绝对特异性，必须结合全面的病理学数据进行综合分析。大多数淋巴瘤涉及多个频繁突变的基因，此外还有5%以下的病例存在罕见变异⁵。不同类型的淋巴瘤之间存在基因突变的重叠现象；例如，具有不同临床行为和病理特征的生发中心来源的B细胞恶性肿瘤具有共同的突变特征^{5, 6}。尽管有大量文献记录了各种淋巴瘤亚型的突变谱，但这些信息尚未显著改变淋巴瘤的分类体系^{5, 7, 8}。

然而，仅从分类和诊断的角度看待NGS在淋巴瘤中的应用是片面的。过去二十年对淋巴瘤基因组基础的深入研究产生了大量预后和预测标志物，这些标志物可直接影响患者的治疗。例如，TP53突变是套细胞淋巴瘤（MCL）的重要预后标志物，NCCN指南将其列为“必备”检测项目⁹。此外，ATM、BIRC3、NOTCH1、SF3B1和TP53等基因的突变以及高突变负荷与慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤（CLL/SLL）的不良预后相关^{10, 11, 12, 13}。

在“个性化医疗”时代，能够预测对某种治疗方案的反应或耐药性的生物标志物越来越多地被用于各类癌症的治疗。例如，反复出现的EZH2 Y646突变促使了EZH2抑制剂tazemetostat的开发和批准，用于治疗滤泡性淋巴瘤（FL）¹⁴。在CLL/SLL中，BTK和PLCG2突变会导致对布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂的耐药性，从而需要调整治疗方案^{15, 16}。

此外，由于大多数淋巴瘤并非由单一基因突变驱动，研究重点已转向理解疾病内的综合基因组特征如何帮助阐明发病机制并指导治疗开发。弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）是生物学和临床表现最为复杂的淋巴瘤亚型之一^{17, 18, 19, 20}。研究表明，DLBCL的突变集中在特定功能通路，如表观遗传调控（CREBBP, EP300, KMT2D, MEF2B, EZH2）、免疫监视（B2M, CD58）和NF-kB激活（CARD11, CD79B, MYD88, TNFAIP3）^{21, 22}。近期有研究提出了多个基因簇，如LymphGen、Shipp簇和DLBclass，这些簇可能代表不同的疾病亚型^{17, 18, 19, 23, 24}。临床试验已开始利用这些基因簇来评估特定亚型的新疗法^{25, 26, 27}。随着NGS检测在淋巴瘤诊断中的广泛应用，未来的分类体系可能会整合分子特征以更精确地描述疾病类型并指导靶向治疗⁵。

尽管通过基因组分析在淋巴瘤研究领域取得了许多科学进展，但迄今为止很少有研究描述NGS检测在临床实践中的实际应用价值^{28, 29, 30, 31, 32}。这些研究主要集中在少数精选病例²⁸、特定淋巴瘤亚型^{30, 31}或诊断问题²⁹上。此外，大多数研究是在2017年WHO分类标准（WHO4R）发布时进行的。我们实验室最近发表了针对淋巴瘤高频突变基因的靶向NGS检测的临床验证结果³³，基于这一经过充分验证的检测方法，我们回顾性评估了LNGS在实际诊疗中的预后、预测和诊断价值。本研究旨在为将靶向LNGS检测整合到常规临床实践中提供实用指导。

研究设计

在获得伦理委员会（IRB）批准后，我们从电子病历中获取了患者基本信息、LNGS检测结果和病理数据。研究范围涵盖了2023年1月至2024年5月期间进行的所有LNGS检测。这些检测均根据临床医生（负责患者的血液肿瘤科医生）或病理学家的要求进行。

LNGS检测面板

LNGS检测中包含的基因依据共识指南和已发表的研究结果进行选择

研究队列的临床和病理特征

共有360名患者接受了384次LNGS检测，其中22名（6.1%）接受了多次检测。同一患者接受多次检测的常见原因包括：诊断外周淋巴瘤时进行骨髓分期、对残留病灶进行后续骨髓评估，或在外周血检测后对组织样本进行进一步检测。在384次LNGS检测中，121次（31.5%）针对有限B细胞淋巴瘤面板，183次（47.7%）针对扩展B细胞淋巴瘤面板，80次（20.8%）针对其他类型。

讨论

本研究总结了我们在大型学术医疗中心日常病理工作中使用三种靶向LNGS检测面板的经验。回顾性分析涵盖了该检测方法推出后17个月内的所有临床检测案例。我们的目标是评估LNGS检测在实际诊疗中的预后预测和诊断价值。

作者贡献声明

安德鲁·L·费尔德曼：撰写——审稿与编辑。塔尼娅·L·施瓦布：撰写——审稿与编辑、方法学设计、数据整理。艾伦·D·麦克菲尔：撰写——审稿与编辑。德拉甘·耶夫雷莫维奇：撰写——审稿与编辑。何蓉：撰写——审稿与编辑、监督、资源协调、项目管理、方法学设计、数据分析、概念构思。王宇才：撰写——审稿与编辑。科迪·J·阿蒂米尤克：撰写——审稿与编辑、数据可视化、软件应用。

伦理审批和患者同意

本研究基于梅奥诊所批准的IRB协议（IRB#24-005629）对回顾性档案病例进行了分析。

披露

本研究无相关披露内容

资金支持

本研究未获得任何资助

部分研究结果已在会议上发表