从日本岐阜县的蜂产品中分离出的Lichenicola spp. GTC18330和18331的完整基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome sequences of Lichenicola spp. GTC18330 and 18331 isolated from bee products in Gifu, Japan

完成日本歧阜蜂产品中Lichenicola菌株GTC18330和18331的全基因组测序，均为单环染色体约3633kbp，GC67%，含3281-3279个CDS，无CRISPRs。测序结合牛津纳米孔长读和MGI短读，Unicycler/Flye组装，CheckM验证显示100%完整度，0%污染。

　　

摘要

我们报告了从日本岐阜地区的蜂产品中分离出的Lichenicola菌株GTC18330和GTC18331的完整基因组序列。这些基因组由环状染色体组成，其长度分别为3,633,834 bp（GTC18330）和3,633,837 bp（GTC18331）。

公告

Lichenicola属菌属于Acetobacteraceae科，通常从环境中分离得到（参考文献[1]–[3]）。在本研究中，菌株GTC18330和GTC18331是从蜂粮（发酵的花粉）和蜂蜜中分离出来的，具体方法参考了Moonmangmee等人的研究并进行了适当修改（参考文献[4]）。简要来说，将每个样本1克接种到含有0.5% d-山梨糖醇、0.5% d-甘露糖醇、0.1%酵母提取物、0.1%多肽、0.03%环己亚胺和1 M葡萄糖酸（pH 4.0）的富集培养基中，然后在30°C下培养7天。培养物被涂布在含有相同培养基的琼脂平板上，并添加了1.5%琼脂和3 mg/100 mL溴甲酚紫。在30°C下培养3天后，选取黄色菌落进行进一步实验。

使用NucleoBond HMW DNA试剂盒（MACHEREY-NAGEL，德国）从沉淀的细胞中提取基因组DNA。基因组测序分别采用PromethION 2i（Oxford Nanopore Technologies [ONT]，英国牛津）进行长读长测序，以及DNBSEQ（MGI Tech Co., Ltd.，中国深圳）进行短读长测序（参考文献[5]–[7]）。两种平台使用相同的DNA提取物。长读长测序使用Native Barcoding Kit（SQK-NBD114-24；ONT）构建文库，且不进行DNA片段剪切。使用Short Read Eliminator XS试剂盒（Pacific Biosciences of California, Inc.，美国门洛帕克）去除小DNA片段。测序在PromethION 2i（ONT）平台上进行，流式细胞仪型号为FLO-PRO114M。碱基 calling使用Dorado v.7.2.14（超高精度模式）完成，原始读长数据通过NanoFilt v.2.7.1进行修剪和质量过滤，参数设置为“-l 1000 -q 10 --headcrop 50”。对于短读长数据，使用MGIEasy FS DNA Library Prep Set（MGI Tech）构建文库，并在DNBSEQ-G400平台上进行2 × 150 bp的双端测序。读长数据使用fastp v0.20.1处理，参数设置为“-q 30 -n 20 -t 1 -T 1”。短读长的质量评估使用fastp（参考文献[9]），长读长的质量评估使用NanoPlot v1.32.1（参考文献[9]）。GTC18331的长读长数据使用Unicycler v.0.4.8进行组装，短读长数据（超过95.4%的碱基具有Q30质量）也使用Unicycler v.0.4.8组装；GTC18330的长读长数据使用Flye v.2.9组装，短读长数据（超过95.7%的碱基具有Q30质量）同样使用Flye v.2.9组装。两种组装工具均使用默认参数。Unicycler和Flye自动完成了基因组的环化处理和旋转。contig图使用Bandage v0.8.1可视化，短读长的分类完整性使用Blobtools v1.0确认。基因组注释使用DDBJ Fast Annotation and Submission Tool（DFAST）完成（参考文献[14]）。基因组组装顺序调整为正向链上的dnaA基因起始。

表1

表1

来自日本岐阜地区蜂产品的Lichenicola菌株的完整基因组序列信息

< /> < /> < /> < /> < /> < /> < /> < /> < /> AP044853 AP045015 < /> <3,633,834 <3,633,837 < /> <67.0 <67.0 <3,281 <3,279 rRNA数量 <9 <9 tRNA数量 <55 <55 CRISPR数量 <0 <0

参数	菌株名称
Lichenicola sp.	GTC18330	Lichenicola sp.	GTC18331
DNBSEQ测序	a
读长数量	6,54,368	10,515,948
基因组大小（kb）	1,013,155	1,577,392
平均覆盖度（×）	278.8	434.1
DRA访问号	DRR791594	DRR791596
a
读长数量	233,991	280,071
基因组大小（kb）	695,787	905,027
平均读长（bp）	2,974	3,231
平均覆盖度（×）	191.5	249.1
5,793.0	5,377.0
DRR访问号	DRR791595	DRR791597
3,633,834	3,633,837
100.0	100.0		0.0	0.0
编码序列数量

^a DRA（Data Release Archive）和DDBJ（Database of DNA Sequences）序列存档。

DFAST（DDBJ Fast Annotation and Submission Tool）。

基因组完整性使用seqkit v2.3.0确定。

基因组污染率使用CheckM v1.2.2确定。

致谢

我们感谢畑崎京子（Kyoko Hatazaki）、片野明子（Akiko Katano）和长泽步（Ayako Nagasawa）提供的技术支持。

作者声明本研究得到了API有限公司（API Co., Ltd.）的研究资助。

资助方对研究设计、数据收集与分析、发表决定或手稿准备没有任何影响。