szKendall：一种基于空间结构特征的无意识差异度量方法，用于利用单细胞Hi-C数据发现亚型

《Nature Communications》：szKendall: spatial-structural-zero-aware dissimilarity measures for subtype discovery using single cell Hi-C data

　　

摘要

高通量单细胞Hi-C技术为研究基因组在三维空间中的细胞间变异性提供了有力手段，但其解读受到数据极度稀疏且分布不均的限制。接触图中的零值可能代表由于染色质结构导致的真实接触缺失（结构性零值），也可能是由于测序深度不足而导致的观测缺失（数据漏失）。然而，现有的差异度量方法（包括欧几里得距离和Kendall’s tau）将所有零值同等对待，从而掩盖了细胞之间的生物学意义上的差异。在此，我们提出了考虑结构性零值的Kendall’s tau（szKendall）——这是一种改进的差异度量方法，它利用了二维接触图的空间组织结构以及细胞间共享结构性零值的一致性。通过全面的模拟和对真实单细胞Hi-C数据集的分析，我们证明了该方法在捕捉结构特征方面表现更为出色，并且在细胞聚类方面优于现有方法。我们的结果强调了考虑结构性零值的差异度量方法作为从单细胞Hi-C数据中得出可靠推断的基本原则的重要性。