《BMC Research Notes》：Rapid screening of genome edited strawberry (Fragaria ×ananassa) regenerants using high-resolution melting analysis followed by Amplicon sequencing
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为解决草莓基因组编辑再生植株筛选成本高、周期长的问题，本研究建立了HRM预筛结合Amplicon测序的高通量基因分型流程。该方案可快速鉴定八倍体草莓亚基因组编辑事件，为多倍体作物基因编辑筛选提供了低成本、可扩展的技术支撑。
草莓基因编辑的“安检门”：用HRM快速锁定CRISPR“潜力股”
草莓（Fragaria × ananassa）是广受喜爱的水果，但其复杂的八倍体基因组给基因功能研究和育种改良带来了巨大挑战。CRISPR/Cas9技术的出现让精准改良草莓性状成为可能，但在实际操作中，科研人员面临着一个棘手的“筛选困境”：植物转化后会产生大量再生植株，如果对每一株都进行昂贵的深度测序来寻找编辑事件，成本极高；而如果依赖表型变化进行初步筛选，往往耗时漫长，严重拖慢研究进度。如何在早期快速、低成本地从“植株海洋”中捞出基因编辑成功的“针”，成为草莓乃至多倍体作物基因编辑技术应用的瓶颈。
为了解决这一痛点，一项发表在BMC Research Notes上的研究开发了一套高效的工作流程。研究人员巧妙地将高分辨率熔解曲线分析（HRM）与扩增子测序（Amplicon sequencing）相结合，建立了一个适用于八倍体栽培草莓的快速检测与基因分型方案。这套方案就像给基因编辑植株过安检：先让所有样本通过HRM进行“快速初筛”，挑出有异常的“可疑对象”，再对这部分样本进行测序“精准核验”，从而大幅节约了时间和金钱成本。
关键技术方法
研究利用CRISPR/Cas9系统对草莓进行基因组编辑，获得再生植株。核心流程分为两步：首先，使用高分辨率熔解曲线分析（HRM）对大量再生株系进行快速、低成本的初筛，根据熔解曲线差异初步判断是否存在编辑；随后，对HRM筛选出的阳性或疑似阳性样本进行扩增子测序（Amplicon sequencing），通过高通量测序精确鉴定靶位点的突变类型和基因型，并评估不同亚基因组间的编辑效率差异。
研究结果
HRM分析可靠地识别了具有不同突变谱的株系
通过HRM分析快速锁定突变体
研究人员首先应用HRM技术对再生植株群体进行扫描。HRM技术能够检测DNA片段熔解温度的微小差异，在编辑过的样本中，由于碱基序列发生变化，其熔解曲线会与野生型出现明显偏离。结果表明，HRM能够可靠地将含有不同突变谱的株系与未编辑的野生型株系区分开来，成功完成了对大量样本的初步筛选和分类。
Amplicon测序基因分型证实了靶位点的编辑事件
测序验证揭示编辑细节与亚基因组差异
在HRM初筛的基础上，研究团队对筛选出的株系进行了扩增子测序。测序结果证实了靶位点确实存在CRISPR/Cas9介导的编辑事件（如插入或缺失突变）。更为重要的是，研究发现编辑效率在八倍体草莓的不同亚基因组（subgenomes）之间存在差异，这表明CRISPR/Cas9系统在如此复杂的基因组中编辑不同染色体组时存在偏好性或效率不均等现象。
用于早期检测和优先排序的可扩展工作流程
构建高效、低成本的筛选管道
综合以上结果，该研究成功验证了一个完整的工作流程：HRM预筛 + Amplicon测序验证。这套流程的优势在于其可扩展性，能够轻松应对大量再生材料的筛选压力。它不仅在早期就能准确检测出编辑事件，还能根据编辑类型和基因型对株系进行优先排序，为后续的性状评估和育种应用争取了宝贵时间。
结论与意义
本研究成功建立并验证了一种结合HRM和Amplicon测序的快速、高通量工作流程，用于CRISPR/Cas9编辑草莓再生植株的早期检测和基因分型。该方案显著降低了基因编辑筛选的成本和时间消耗，特别是针对像草莓这样基因组复杂的多倍体作物。这套“先粗筛、后精鉴”的策略，为加速草莓功能基因组学研究和育种改良提供了强有力的技术支持，也为其他多倍体作物的基因编辑筛选提供了可借鉴的范式。
