《Genetics Research》：The Evolution of Gene Sequencing Technologies: Unveiling Genetic Architecture of Nonsyndromic Orofacial Clefts
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本文系统综述了测序技术（Sanger、NGS、TGS）在非综合征性口面裂（NSOC）遗传学研究中的演进，重点探讨了从常见易感基因（如IRF6、MSX1）到罕见变异及多组学整合的发现历程，为早期筛查与精准预防提供了理论依据。
1. 引言
非综合征性口面裂（NSOC）是一类常见的先天性颅颌面发育缺陷，全球发病率约为1/800，具有明显的种族、地域和性别差异。与大多数复杂遗传病类似，NSOC的病因涉及遗传易感性、环境暴露及其交互作用，呈现出高度的临床表型异质性。传统候选基因策略难以全面揭示其致病机制。随着测序技术的迭代——从第一代Sanger测序到第二代（NGS）、第三代测序（TGS），再到单细胞、空间组学等多组学整合，NSOC遗传学研究实现了从低通量到高通量、从常见变异到罕见变异及细胞分化轨迹解析的跨越，为早期筛查和精准预防奠定了技术基础。
2. Sanger测序驱动NSOC常见易感基因的发现
2.1. Sanger测序技术概述
Sanger测序（第一代测序）基于双脱氧链终止法，凭借其高准确性被誉为基因测序的“金标准”，为现代DNA测序技术奠定了基础。
2.2. 应用策略
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候选基因靶向测序：基于动物模型和已知信号通路选择候选基因（如FOXE1、GLI2），筛查编码区变异，但覆盖度有限。
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家系共分离分析：结合家系结构与表型，验证变异与疾病的共分离（如IRF6、MSX1），为致病性提供强证据。
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病例-对照筛查：通过比较病例与对照的等位基因频率，评估常见变异（>1%）的关联强度，但易受人群分层等因素影响。
2.3. 主要发现
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IRF6：在Van der Woude综合征（VWS）中被首次确认，后续研究发现其变异（如rs2235371, c.820G>A）与NSOC风险显著相关，但效应存在人群差异。
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MSX1：MSX1?/?小鼠表现为腭裂和牙齿缺陷。人群研究（如rs36059701 A34G）证实其突变破坏蛋白功能，增加NSOC风险，部分多态性（如rs8670）可能具有保护效应。
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PAX9：作为转录因子，调控颅面发育。在中国人群中发现rs12885612、rs12881248等位点与NSCPO及NSCLO相关，且与IRF6变异存在交互作用。
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TP63：p63蛋白调控上皮发育。研究报道rs1345186与中国人群右侧唇裂相关，c.1324C>T（p.Q442*）无义突变可导致蛋白功能丧失。
此外，MTHFR、VAX1、BMP4等基因的变异也被证实与NSOC易感性相关。
2.4. 局限性
Sanger测序虽准确，但操作繁琐、通量低、成本高，难以满足NSOC这种高度异质性疾病的大规模基因组研究需求。
