用于生物治疗中宿主细胞蛋白定量分析的无标记、非靶向蛋白质组学的ICH Q2(R2)标准符合性总误差验证方法 作者：Somar Khalil, Jean-Fran?ois Dierick, Pascal Bourguignon, Michel Plisnier

《Proteomes》：Prospective ICH Q2(R2)-Aligned Total-Error Validation of Label-Free Untargeted Proteomics for Host Cell Protein Quantification in Biotherapeutics Somar Khalil, Jean-Fran?ois Dierick, Pascal Bourguignon and Michel Plisnier

　　

摘要

背景：非靶向蛋白质组学技术能够定量测定生物治疗制剂中的宿主细胞蛋白（HCP），但目前尚无符合ICH Q2(R2)标准的工作流程经过验证，以满足严格的质量控制要求。
方法：本研究采用了一种前瞻性的总误差（TE）验证方法，对无标记的ddaPASEF蛋白质组学技术进行了验证。将稳定同位素标记的全蛋白标准品以7个不同浓度（20–80 ng）添加到NISTmAb中，并在四个独立的实验中进行分析（共198次注射），数据分析采用Welch–Satterthwaite校正的单因素随机效应方差分析（ANOVA）。通过双重捕获技术评估了肽水平的识别误差。
结果：在q = 0.01的显著性水平下，假发现的比例低于1%。加权最小二乘回归分析（R2 = 0.993）表明数据具有稳定的比例压缩特性，回收率在81–85%之间。重复性是方差结构的主要影响因素（中位数CV为2.7%）；精度的标准差范围为0.69%至3.81%。在所有浓度范围内，95%的β预期值和95/95含量容忍区间均位于±30%以内，从而确定了20–80 ng的有效测定范围。基于丰度分层的TE分析显示，校准过程中存在浓度依赖性异质性；不同层别的校准区间均在±35%范围内，据此确定了3.6 ppm的LLOQ（P95 = 3.87 ppm）。该技术在不同搜索软件（FragPipe v24.0，CCC = 0.998）和跨平台采集系统（Astral，CCC = 0.980）中的稳定性也保持在±30%的范围内。
结论：本研究首次实现了符合ICH Q2(R2)标准的非靶向蛋白质组学技术在HCP定量分析中的验证，为高维分析方法提供了可复用的统计框架。