《Viruses》:Furin as a Novel Pan-Viral Therapeutic Target: Implications for Dengue and SARS-CoV-2
Lina Shalaby,
Yaman Al-Haneedi,
Alaa Abdelhamid,
Hadi Yassine and
Mohamed M. Emara
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摘要
在赞比亚2023–2024年霍乱疫情期间,依赖单一病原体诊断可能会忽视共循环的肠道病原体。本研究旨在评估轮状病毒(Rotavirus)的流行率,描述疑似霍乱入院患者中共同检出的其他肠道病原体与轮状病毒基因型。对符合霍乱疑似病例定义的腹泻粪便样本进行二次分
摘要
在赞比亚2023–2024年霍乱疫情期间,依赖单一病原体诊断可能会忽视共循环的肠道病原体。本研究旨在评估轮状病毒(Rotavirus)的流行率,描述疑似霍乱入院患者中共同检出的其他肠道病原体与轮状病毒基因型。对符合霍乱疑似病例定义的腹泻粪便样本进行二次分析,使用Bosphore? Gastroenteritis Panel v2多重PCR肠道病原体检测试剂盒,检测轮状病毒及其他胃肠道病原体。对病毒载量足够的轮状病毒阳性样本,通过针对VP7和VP4基因的逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)进一步分型。在319名疑似霍乱住院患者中,18人检出轮状病毒(5.6%;95% CI 3.4–8.8%),主要分布于5岁以下儿童(27.8%,5/18)。轮状病毒感染多数为混合感染(94.4%,17/18),最常见共同检出的病原体为空肠弯曲菌(Campylobacter)。在5个样本中成功完成基因分型,发现了异质性的循环毒株,包括G1P[8]、G2P[4]、G3P[6]、G12P[6]以及G1P[6]。轮状病毒占疑似霍乱住院病例的比例有限,但常在混合肠道感染中被检出,强调了在疫情应对中采用多病原体诊断与持续分子监测的重要性。
研究背景与问题
腹泻病是全球范围内可预防的发病与死亡主要原因之一,在资源匮乏地区尤其对儿童造成严重影响。霍乱疫情期间,临床诊断通常集中于霍乱弧菌(Vibrio cholerae),但轮状病毒等其他病原体引起的急性水样腹泻在临床上难以区分,这可能导致误诊、不当使用抗生素,并忽略重要的流行病学信息。在已实施轮状病毒减毒活疫苗(如Rotarix?、Rotavac?)的国家,病毒的持续进化、重配与基因型更替可能影响疫苗效果,因此需在疫情背景下进行持续的分子流行病学监测。赞比亚在2023–2024年霍乱暴发期间,为通过多病原体诊断评估轮状病毒的流行病学特征提供了独特机会。本研究旨在探讨轮状病毒在临床疑似霍乱病例中的流行率、基因多样性及其与其他肠道病原体的共感染模式,以弥补单一病原诊断的不足,并为疫情应对与疫苗策略提供依据。
研究方法
研究基于2023–2024年赞比亚霍乱疫情期间开展的一项多病原调查,对符合临床霍乱疑似病例定义的319例患者粪便样本进行二次分析。样本采集自卢萨卡及周边地区的五个霍乱治疗中心。采用Bosphore? Gastroenteritis Panel v2多重实时荧光定量PCR试剂盒检测11种肠道病原体,包括轮状病毒、诺如病毒GI/GII、腺病毒、弯曲菌(Campylobacter)、沙门氏菌等。对PCR检测循环阈值(Ct)≤30的轮状病毒阳性样本,通过针对VP7和VP4基因的半巢式RT-PCR进行基因分型,以确定G与P型别。数据分析采用描述性统计,计算流行率及其95%置信区间,并通过年龄分布与共感染图谱进行可视化呈现。
研究结果
5.1. 研究参与者追踪
研究初始纳入351例符合临床霍乱疑似定义的急性水样腹泻患者,排除32例缺失人口学数据或多重PCR结果的样本后,最终分析319例。其中18例轮状病毒阳性,仅7例有霍乱快速诊断检测结果记录,其余11例未进行该项检测,反映了疫情期间分诊操作的现实局限性。
5.2. 参与者描述性统计
参与者中位年龄为24岁,四分位距为12–38岁。样本主要来自Matero地区(37%),男性占44%,女性占31%,另有25%性别信息缺失。大多数参与者HIV阴性(89%),霍乱疫苗接种状态信息缺失比例高(88%)。
5.3. 轮状病毒在疑似霍乱病例中的流行率
在319例临床疑似霍乱且有多重PCR结果的住院患者中,轮状病毒检出率为5.6%(18/319;95% CI 3.4–8.8%)。
5.4. 轮状病毒与其他肠道病原体的共感染
在18例轮状病毒阳性样本中,94.4%为混合感染。仅1例为单一轮状病毒感染,其余17例均合并至少一种其他肠道病原体。双重感染最常见(38.9%,7/18),其次为三重感染(22.2%,4/18),还观察到涉及四至六种病原体的复杂感染。空肠弯曲菌是最常见的细菌共感染病原体,常与诺如病毒GI/GII、腺病毒等共同检出。
5.5. 轮状病毒基因型
在轮状病毒阳性病例中,5岁以下儿童比例最高(27.8%,5/18)。成功分型的5个样本显示,循环毒株呈异质性,包括G1P[8]、G2P[4]、G3P[6]、G12P[6]和G1P[6]。基因型与共感染病原体的关联分析显示,G2P[4]和G3P[6]与空肠弯曲菌单独或合并诺如病毒GI/GII共同检出。
讨论总结
研究发现轮状病毒在赞比亚霍乱疫情期间的腹泻病例中占比较小,但普遍存在于混合感染中,凸显了疫情期间腹泻病因的复杂性。临床霍乱与轮状病毒肠炎的症状重叠,易导致初诊误判,可能造成不必要的抗生素使用,加剧抗菌药物耐药性(AMR)。共感染的高发(尤其与空肠弯曲菌的组合)提示共同传播途径或环境暴露可能促进多种病原体同时流行。基因分型结果显示,循环毒株包括疫苗相关型(如G1P[8]、G2P[4])和非常见型(如G12P[6]、G3P[6])以及罕见重配株G1P[6],其中G12P[6]此前报道与动物源重配相关,提示可能需要以“一体健康”视角开展监测。研究强调,在疫情应对中应采用多病原体检测策略,以准确识别病因、指导合理治疗,并为疫苗效果评估提供分子流行病学依据。
研究结论
轮状病毒在赞比亚2023–2024年疫情期间疑似霍乱住院病例中占比较小但具有临床意义,主要见于儿童和青少年,且多为混合肠道感染。空肠弯曲菌、诺如病毒等病原体的频繁共检出,凸显了霍乱样临床表现背后的病因复杂性,也暴露出疫情期间综合征诊断的局限性。所鉴定的轮状病毒基因型具有多样性,包括非常见型、潜在动物源或重配相关毒株,这强调了在常规病例监测中结合分子分型以追踪毒株进化、为疫苗时代监测提供信息的重要性。这些发现支持在疫情响应中采取更整合的策略,即结合多病原体诊断、审慎的抗菌药物管理以及在“一体健康”框架下加强基因组监测,以改善临床管理并指导腹泻病控制的精准公共卫生行动。