基于生物信息学的分析方法，对高溢出风险的蝙蝠冠状病毒中的病毒microRNA（miRNA）及其在人类体内的靶基因进行了全基因组范围的鉴定

《Archives of Microbiology》：Bioinformatics-driven genome-wide identification of viral miRNAs in high spillover bat coronaviruses and their target genes in human

　　

摘要

由物种间病原体传播驱动的人畜共患病溢出对全球健康构成了重大威胁。最近的研究指出，养殖的毛皮动物是多种冠状病毒的宿主，尤其是Pipistrellus属蝙蝠冠状病毒HKU5（Pi-Bat-CoV HKU5），该病毒具有很高的溢出潜力。此外，基因上不同的Pipistrellus属蝙蝠冠状病毒HKU5-CoV-2（Pi-Bat HKU5-CoV-2）能够利用ACE2受体进入哺乳动物细胞，这进一步凸显了蝙蝠来源的病毒感染哺乳动物宿主的风险。微小RNA（miRNAs）是一类小型、内源性的非编码RNA，可调节mRNA的转录后表达。在本研究中，我们使用Vmir预测了三种蝙蝠冠状病毒的pre-miRNAs，并通过iMcRNA-PseSSC、iMcRNA-ExPseSSC和iMiRNA-PseDPC等基于共识的方法进行了验证。分别鉴定了Pi-Bat-CoV HKU5、Pi-Bat HKU5-CoV-2和Ty-Bat-CoV HKU4的28、34和40个pre-miRNAs，这些pre-miRNAs具有与SARS-CoV-2不同的特征。成熟miRNAs通过MatureBayes服务器进行预测，使用miRDB数据库鉴定了与Pi-Bat-CoV HKU5、Pi-Bat HKU5-CoV-2和Ty-Bat-CoV HKU4相关的549、680和800个靶基因。通过Enrichr进行了基因本体论（GO）富集分析，以探索相关的生物学功能。富集的靶基因参与了诸如血清素能突触、RNA降解、Wnt信号传导和细胞周期调节等关键途径。此外，网络分析揭示了重要的靶基因，如SOX2、ESR1、FGF2、SMAD4、YWHAZ、PRKACB、MAPK1、EP300和GSK3β，这些基因在抑制病毒复制和宿主抵抗病毒感染方面发挥作用。这些发现为病毒miRNA库的基因组监测提供了框架，有助于理解病毒的适应性和溢出机制，但未来的体外和体内研究对于验证这些发现至关重要。

图形摘要

此图片的替代文本可能是由AI生成的。

由物种间病原体传播驱动的人畜共患病溢出对全球健康构成了重大威胁。最近的研究指出，养殖的毛皮动物是多种冠状病毒的宿主，尤其是Pipistrellus属蝙蝠冠状病毒HKU5（Pi-Bat-CoV HKU5），该病毒具有很高的溢出潜力。此外，基因上不同的Pipistrellus属蝙蝠冠状病毒HKU5-CoV-2（Pi-Bat HKU5-CoV-2）能够利用ACE2受体进入哺乳动物细胞，这进一步凸显了蝙蝠来源的病毒感染哺乳动物宿主的风险。微小RNA（miRNAs）是一类小型、内源性的非编码RNA，可调节mRNA的转录后表达。在本研究中，我们使用Vmir预测了三种蝙蝠冠状病毒的pre-miRNAs，并通过iMcRNA-PseSSC、iMcRNA-ExPseSSC和iMiRNA-PseDPC等基于共识的方法进行了验证。分别鉴定了Pi-Bat-CoV HKU5、Pi-Bat HKU5-CoV-2和Ty-Bat-CoV HKU4的28、34和40个pre-miRNAs，这些pre-miRNAs具有与SARS-CoV-2不同的特征。成熟miRNAs通过MatureBayes服务器进行预测，使用miRDB数据库鉴定了与Pi-Bat-CoV HKU5、Pi-Bat HKU5-CoV-2和Ty-Bat-CoV HKU4相关的549、680和800个靶基因。通过Enrichr进行了基因本体论（GO）富集分析，以探索相关的生物学功能。富集的靶基因参与了诸如血清素能突触、RNA降解、Wnt信号传导和细胞周期调节等关键途径。此外，网络分析揭示了重要的靶基因，如SOX2、ESR1、FGF2、SMAD4、YWHAZ、PRKACB、MAPK1、EP300和GSK3β，这些基因在抑制病毒复制和宿主抵抗病毒感染方面发挥作用。这些发现为病毒miRNA库的基因组监测提供了框架，有助于理解病毒的适应性和溢出机制，但未来的体外和体内研究对于验证这些发现至关重要。

图形摘要

此图片的替代文本可能是由AI生成的。