摘要
来自适应干旱和半干旱环境的植物内生细菌代表了尚未充分探索的微生物多样性库，具有潜在的农业应用价值。本文报道了对从Citrullus colocynthis和Peganum harmala（这两种能在恶劣环境下生长的药用植物）的根部和叶片组织中分离出的Achromobacter菌株进行的多相分类学和基因组分析。通过全基因组测序、系统基因组学分析、平均核苷酸同一性（ANI）测定、数字DNA-DNA杂交（dDDH）技术、多位点序列分型以及详细的表型特征分析，我们发现了三种先前未被描述的细菌物种，并分别为它们命名：Achromobacter colocynthi sp. nov.、Achromobacter maghribensis sp. nov.和Achromobacter semiaridum sp. nov>。这些菌株的基因组组装完整性很高（98.7–99.2%），污染程度极低（<1%），为分类学推断提供了可靠依据。尽管其中一个菌株的16S rRNA序列存在部分不一致性，但所有三个物种的ANI和dDDH值均低于其最近的系统发育邻居的阈值，这突显了全基因组指标在物种鉴定中的重要性。系统基因组学分析表明这些新物种属于Achromobacter属的不同进化支系。表型特征显示它们具有广泛的代谢能力，能够利用碳水化合物、有机酸和氨基酸；同时具备耐中等盐度和酸性pH值的能力，并对多种抗菌化合物具有抗性，这些特性可能与它们在半干旱条件下的内生生活方式相适应。除了分类学上的新颖性外，这些菌株还表现出与植物适应性和抗逆性相关的体外特性，如IAA的产生、ACC脱氨酶活性以及对Zn、Cu和Cd的耐受性。基因组分析还揭示了它们与磷酸盐吸收和应激响应相关的功能。这些发现扩展了Achromobacter属的分类框架，确认了C. colocynthis和P. harmala作为新型内生细菌的来源，并强调了它们在应对逆境环境的农业生物技术中的潜在价值。
