优化并应用玻璃体液样本中的代谢物提取方法

《Journal of Chromatography A》:Optimisation and application of the metabolite extraction method of vitreous humour samples

【字体: 大 中 小 】 时间:2026年05月06日 来源:Journal of Chromatography A 4

编辑推荐:

  Karolina Pietrowska|Wioleta Gosk|Joanna Godzien|Emil Tomasz Grochowski|Joanna Konopinska|Adam Kretowski|Diana Anna Dmuchowska|Michal Ciborow

  
Karolina Pietrowska|Wioleta Gosk|Joanna Godzien|Emil Tomasz Grochowski|Joanna Konopinska|Adam Kretowski|Diana Anna Dmuchowska|Michal Ciborowski
比亚韦斯托克医科大学临床研究中心代谢组学与蛋白质组学实验室,M. Sklodowskiej-Curie 24A,15-276 Bialystok,波兰

摘要

玻璃体(VH)是一种独特的无血管眼部结构,其生化组成可能反映视网膜的病理生理状态。尽管已经使用代谢组学方法研究了玻璃体,但与其他生物基质相比,对其的研究仍然较少,现有的样品制备方案也存在较大差异。实际上,大多数现有研究都是应用导向的,仅描述了所使用的样品制备条件,而没有说明选择这些特定参数的原因,也没有考虑替代方案,或对方法进行系统评估。因此,在本研究中,我们系统地比较并优化了用于非靶向LC-MS分析前的玻璃体制备程序。关键步骤包括均质化、提取和预浓缩,评估标准包括特征覆盖度、信号强度、重复性以及实际操作方面的效率(如通量和成本)。最优方案结合了液氮和超声波处理样品、丙酮沉淀蛋白质以及随后用甲醇/水(2:1)重新悬浮的方法。该方案随后应用于患有玻璃体膜(ERM,n=14)和黄斑孔(MH,n=13)的患者样本,这两种情况具有不同的临床表现,但在眼科研究中通常被归为同一对照组。单变量和多变量分析未发现这两组样本之间存在统计学上的显著代谢差异。基于模拟的功效分析表明,在当前的样本量和多重检验校正下,该研究主要适用于检测显著效应;因此,不能排除潜在的细微差异。这些发现支持将ERM和MH作为LC-MS基玻璃体代谢组学研究中的实用对照组,但仍需要在更大样本量下进行验证。优化的制备方法为未来眼科研究中的玻璃体代谢组学提供了实用框架。

引言

玻璃体是眼睛中最大的结构,填充在晶状体和视网膜之间的空间。尽管它大约由99%的水组成,但其粘度是纯水的两到四倍。其凝胶状质地源于其富含有蛋白质(主要是胶原蛋白)和多糖(主要是透明质酸)的成分。玻璃体充当分子在眼睛前部和后部之间自由移动的屏障。由于玻璃体缺乏血管,因此营养物质由视网膜和睫状体的血管提供[1,2]。因此,玻璃体的结构和生化变化可能反映了视网膜中正在进行的病理生理过程[3]。
玻璃体的组成尚未被完全探索。因此,非靶向方法为发现新的成分提供了宝贵的机会。在这方面,非靶向代谢组学能够全面测量小分子,并在眼科研究中得到广泛应用。
虽然已经使用代谢组学方法研究了玻璃体,但相关研究数量有限,且大部分研究集中在死后样本上[4],[5],[6],[7],[8],[9],[10]。与疾病相关的研究主要集中在糖尿病性[11]和缺血性视网膜病变[12],[13],[14],[15],[16],[17],以及其他退行性[18],[19],[20]、炎症性[21]和玻璃体视网膜界面疾病[3,22]上。在分析上,已应用了多种平台,包括NMR[4],[5],[6],[7],[12,13,18,19]、GC-MS[8,11]和LC-MS[5,[8],[9],[10],[14],[15],[16],[17],[20],[21],[22],[23],[24],[25],[26],来分析人类[5,6,9,[11],[12],[13],[14],[15],[16],[17],[20],[21],[22],[23],[26]和动物样本[5,8,10,18,19,24,25]的玻璃体代谢组。
由于伦理原因无法从健康个体获取玻璃体样本,因此玻璃体代谢组学研究中的对照样本通常来自死后样本或接受玻璃体膜切除术(ERM)或黄斑孔(MH)手术的患者。这些情况通常被认为对全身或视网膜代谢的影响较小。因此,尽管这两种情况在临床上有差异且发病机制尚未完全明了,但它们仍常被合并为单一对照组[14,15,27,28]。因此,我们评估了在当前分析条件下,是否可以将ERM和MH样本实际合并为LC-MS基玻璃体代谢组学研究中的对照组。MH和特发性ERM是玻璃体视网膜界面的年龄相关疾病。免疫细胞、蛋白质、多种细胞因子、生长因子、转录因子和调节因子在这些疾病的发病机制中起作用[29],[30],[31]。一项针对ERM的全基因组关联研究指出,胶原及其相关机制是相关因素之一[32]。根据对MH和ERM患者玻璃体标本的蛋白质组学研究[33],与MH和ERM相关的常见生物学过程包括细胞粘附、神经系统发育、细胞外基质组织及炎症。然而,复杂的分子机制仍不甚明了。
为了解决这一问题,进行了蛋白质组学分析,发现特发性ERM和MH患者的玻璃体成分存在显著差异。?hman等人共鉴定出160种在两组间有显著差异的蛋白质[33]。另一方面,转录组分析仅显示了微小差异,没有明显的区分能力[34]。这些发现突显了区分ERM和MH的分子证据的不一致性,也表明缺乏基于代谢组学的比较。这激发了我们进行本研究的灵感。
文献中描述的LC-MS分析用的玻璃体制备方案在复杂性和样品处理方式上存在很大差异。一些方案将样品分为两部分(例如,甲醇提取与氯仿提取),然后分别进行分析;而其他方案则依赖双相系统(如甲醇/氯仿混合物),并在不同平台上分析上层和下层。鉴于临床样本量有限以及需要高通量处理流程,我们旨在建立一种简单的一步制备方案,避免分馏。这种方法允许在同一提取物上同时进行反相(RP)和HILIC色谱分析,以实现广泛的代谢物覆盖。
本研究旨在为非靶向LC-MS代谢组学的玻璃体样品制备提供一种合理和系统的方法。该方法采用基于非靶向代谢组学的整体指纹分析方法,而不是完全经过验证的定量分析方法。因此,该方法并未按照通常应用于定量分析方法的验证要求进行开发和评估。相反,它的目的是为了实现研究组间的稳健比较分析。优化后的方案随后被应用于探讨ERM和MH患者的样本是否可以作为眼科代谢组学研究中的实用对照组。

章节摘录

研究参与者及样本采集

玻璃体样本来自接受标准23号套管平面玻璃体切除术的患者,手术过程中剥离了内 limiting 膜(ILM),并采用了六氟化硫/空气填压技术。同时,白内障患者也接受了超声乳化术。本研究得到了比亚韦斯托克医科大学医学伦理委员会的批准(APK.002.401.2021),并遵循了《赫尔辛基宣言》的原则。样本的采集遵循相关标准

样品制备方法的优化

协议优化工作始于对使用非靶向LC-MS分析玻璃体样本的研究的回顾。尽管已发表了几种方案,但没有一种专门针对样品制备策略的比较或改进。为了解决这一空白,我们研究了之前报道的方法[3,5,8,14,22,[38],[39],[40],并比较了样品处理的关键步骤。基于此分析,我们建立了一个包含三个主要环节的方案

结论

本研究提出了一种系统优化的玻璃体样品制备方案,适用于非靶向LC-MS代谢组学分析。通过结合低温超声辅助均质化、丙酮沉淀蛋白质及代谢物提取,随后用甲醇/水(2:1)重新悬浮的方法,在保持简单性和高通量的同时,实现了最佳的代谢物覆盖度、信号强度和重复性平衡。
将这种方法应用于临床玻璃体样本

CRediT作者贡献声明

Karolina Pietrowska:撰写——原始草稿、可视化、验证、软件使用、项目管理、方法学设计、研究实施、资金申请、数据分析、概念构建。Wioleta Gosk:撰写——审稿与编辑、可视化、软件使用、方法学设计、研究实施、数据分析。Joanna Godzien:撰写——原始草稿、可视化、研究实施。Emil Tomasz Grochowski:撰写——审稿与编辑、研究实施、数据分析

利益冲突声明

作者声明他们没有已知的可能影响本文工作的财务利益或个人关系。

资助

本工作得到了波兰国家科学中心(资助编号:2021/05/X/NZ5/00302)和比亚韦斯托克医科大学(资助编号:B/Sub.23.506)的支持。
相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博

热点排行

    今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

    版权所有 生物通

    Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

    联系信箱:

    粤ICP备09063491号