使用统一协议和长读长测序技术构建的全球土壤真核生物群落数据集

《Scientific Data》：Global dataset of soil eukaryotic communities created with a uniform protocol and long read sequencing

　　

摘要

土壤真核生物，包括真菌、原生生物、植物和动物，在生物圈的功能和韧性中起着核心作用。全球标准化土壤真核生物数据库（GloSED）是首个涵盖所有土壤真核生物的数据库，覆盖了121个国家中的4,063个采样点，涉及所有大陆，共记录了近一百万个分类单元。所有样本均采用标准化方法采集和分析，以尽量减少技术偏差。通过对全长ITS区和18S-V9区进行长读长测序，实现了广泛的分类覆盖和高精度的鉴定，并通过专门针对“未知分类单元”的整理工作进一步提高了数据质量。严格的生物信息学处理流程有效避免了同聚物错误、PCR介导的嵌合体现象以及索引切换问题，确保了数据的高质量。该数据库提供了原始序列以及一个开源的容器化工作流程，支持可重复的分析。每个样本都附有土地覆盖类型描述以及直接测量的土壤pH值、δ¹³C、δ¹⁵N含量，以及P、K、Ca、Mg元素和总C、N含量。GloSED是首个能够从局部到全球尺度对整个土壤真核生物群落进行生态学和生物地理学研究的数据库。