摘要
RNA病毒在其基因组中编码了多层调控信息，这些信息超出了其蛋白质编码序列的范围。通过局部二级结构和长距离RNA-RNA相互作用，病毒RNA控制着病毒生命周期中的关键步骤，包括翻译、复制、基因组环化、包装以及逃避宿主防御。在过去的二十年里，化学探测方法——特别是选择性2'-羟基酰化（通过引物延伸技术SHAPE）及其高通量衍生技术——极大地提高了我们以单核苷酸分辨率和全基因组范围研究这些结构的能力。这些技术揭示了病毒基因组具有高度结构化特征，并且在非编码区域和编码序列中包含了大量的功能性RNA元素。在这篇综述中，我们总结了用于分析病毒RNA结构的主要实验策略，重点介绍了基于SHAPE的方法及其互补技术。接着，我们讨论了在不同病毒家族中发现的主要功能性RNA结构类别，重点讨论了参与翻译和复制的元素，如内部核糖体进入位点（IRES）和环化元件，以及其他功能性结构，包括抵抗XRN1的元件和移码元件。最后，我们探讨了基于结构的分析如何为抗病毒干预开辟新的途径，包括反义寡核苷酸、小分子和能够降解RNA的嵌合体。总体而言，这些进展突显了病毒RNA结构既是病毒生物学的关键决定因素，也是治疗创新的有希望的目标。
