综合性的生物信息学方法和表达分析方法识别出口腔鳞状细胞癌中一个潜在的预后生物标志物

《Scientific Reports》：Integrated bioinformatics approaches and expression assays identified a potential prognostic biomarker in oral squamous cell carcinoma

　　

摘要

针对口腔鳞状细胞癌（OSCC）预后的因素研究发现了新的治疗靶点，其中血管生成在肿瘤的发展、侵袭和预后中起着关键作用。然而，基于血管生成因素构建OSCC预后预测体系的报告相对较少。通过生物信息学分析，我们试图识别那些表达变化可能与OSCC预后相关的血管生成因子。我们从癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas）和分子信号数据库（Molecular Signatures Database）中获取了RNA测序数据、临床数据以及血管生成因子数据。选出的基因通过多种数据库进行了分析与临床病理特征、预后及癌相关成纤维细胞浸润的相关性研究。进一步分析包括基因突变、功能富集，并利用临床OSCC样本和携带肿瘤的裸鼠进行了验证。基因表达通过Western blotting、免疫组化、免疫荧光和定量逆转录聚合酶链反应（quantitative reverse transcription polymerase chain reaction）等技术进行检测。结果发现表皮生长因子（EGF）是一个关键基因，在OSCC组织中的表达显著高于正常口腔黏膜。单变量和多变量Cox回归分析证实，高EGF表达与较差的全身生存率相关，并且是一个独立的预后指标。EGF还与癌相关成纤维细胞的浸润有关，且能够影响血管生成途径。我们的研究结果表明，EGF可能作为OSCC的预后生物标志物和潜在治疗靶点。