通过长读长测序和RNA测序技术，在鼻咽癌中揭示了整合型Epstein-Barr病毒的结构特征及其转录效应

《Virology Journal》：Structural patterns and transcriptional effects of integrated Epstein-Barr Virus revealed by long-read sequencing and RNA-sequencing in nasopharyngeal carcinoma

　　

摘要

爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV）DNA整合到人类基因组中是鼻咽癌发生的关键事件。在本研究中，我们利用纳米孔长读长测序技术，全面分析了三个EBV阳性的鼻咽癌（NPC）细胞系和一个患者NPC肿瘤中的大规模病毒-人类整合事件。我们发现了四种不同的整合类型，其中类型A最为常见，其特征是EBV基因组的一个片段与人类DNA整合。研究结果表明，多次整合事件参与了染色体内易位的诱导，从而导致通过染色体重排发生的显著基因组破坏。此外，我们还探讨了EBV整合位点与基因组结构变异之间的关系，进一步支持了EBV整合在驱动基因组不稳定中的作用。通过整合RNA-seq数据，我们证明了EBV整合可能干扰基因表达，并突出了多个与癌症相关的基因（如CD96、ARHGAP27、ASH1L、KDM3B、ZMYM2和PIK3C2A）中的整合位点。值得注意的是，在EBV相关的NPC中，EBV与人类细胞的融合事件较为普遍，其中包括一些有趣的融合转录本（如LRRC8C-RPMS1和LINC00486-RPMS1），这些进一步证明了EBV整合的致癌潜力。总体而言，本研究利用长读长测序技术揭示了鼻咽癌发生过程中的EBV整合模式。