《International Journal of Cancer》：Optical Genome Mapping Reveals Frequent Cryptic Structural Aberrations in Normal Karyotype Acute Myeloid Leukemia
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约半数新诊断的急性髓系白血病（AML）病例经传统核型分析显示为核型正常（CN），但该亚型存在显著的临床异质性，部分原因可能源于常规细胞遗传学技术未检出的结构变异（SV）。本研究应用光学基因组图谱（OGM）技术对48例CN-AML病例进行全基因组SV评估，并鉴定
约半数新诊断的急性髓系白血病（AML）病例经传统核型分析显示为核型正常（CN），但该亚型存在显著的临床异质性，部分原因可能源于常规细胞遗传学技术未检出的结构变异（SV）。本研究应用光学基因组图谱（OGM）技术对48例CN-AML病例进行全基因组SV评估，并鉴定新的候选基因改变。结果显示，46%（22/48）的病例检出异常，其中33%（16/48）存在大片段SV或累及白血病相关基因的变异（共18处），15%（7/48）检出拷贝数中性杂合性缺失（CN-LOH），且除1例外，SV与CN-LOH均互斥。SV类型包括8例缺失、6例部分串联重复（PTD）、2例平衡易位及2例复杂重排。高频突变基因包括KMT2A（5例）和RUNX1（3例），其次为NF1及13q14（DLEU）区域缺失（各2例）；单发变异包括NUP98::NSD1融合及TET2、PRPF8、FLT3缺失。此外，研究新发现一例平衡易位t(3;20)(p13;q13.12)导致FOXP1::EYA2融合。值得注意的是，OGM检出异常与较差的疾病特异性生存率显著相关（Mantel–Cox检验，p=0.007）。研究表明，相当比例的CN-AML病例存在常规技术漏检的临床相关SV（尤其与不良预后相关者），支持OGM作为AML研究与诊断中高效、全基因组的标准化工具。
光学基因组图谱揭示核型正常急性髓系白血病的隐匿性基因组畸变与临床预后
研究背景与科学问题
急性髓系白血病（AML）是造血系统的异质性恶性肿瘤，成人年发病率约4.3/10万，5年总生存率仅约30%。约50%成人AML经传统核型分析表现为核型正常（CN-AML），虽多数按欧洲白血病网（ELN）标准归为 favorable/intermediate 风险，但其临床结局差异巨大，提示存在未被识别的分子异常。尽管二代测序（NGS）可在98% CN-AML中检出点突变，但全基因组范围内可能逃逸常规核型及荧光原位杂交（FISH）检测的隐匿性结构变异（SV）及拷贝数中性杂合性缺失（CN-LOH）的谱系尚不明确。光学基因组图谱（OGM）是一种高分辨率、全基因组技术，可同时检测平衡/非平衡SV及低变异等位基因频率（VAF）事件，为揭示CN-AML的“隐藏”基因组景观提供了新工具。
关键技术方法
研究纳入芬兰血液学登记与临床生物库（FHRB）提供的48例初诊成人CN-AML（2018–2024年）骨髓样本，所有病例均经≥20个中期相G显带核型及FISH（靶向MECOM、EGR1、7q31、KMT2A、TP53）验证为阴性。提取超高分子量DNA后，采用DLE-1酶标记及Saphyr芯片成像进行OGM分析（参考基因组hg38），结合Rare Variant Pipeline（SV/CNV检测）与De Novo Pipeline（CN-LOH检测），并整合诊断性NGS基因 panel 数据及部分样本的RNA测序（RNA-seq）进行验证与融合基因分析。
研究结果
3.1 OGM质量与总体异常检出率
所有样本OGM数据质量达标（平均有效覆盖率462×），共检出1271个罕见SV及65个CNV片段。在22例（46%）病例中鉴定出临床相关异常：16例（33%）存在>5 Mbp或累及白血病基因的SV（共18处），7例（15%）检出大片段CN-LOH（最小44 Mbp）。SV与CN-LOH在除1例外的所有病例中互斥。
3.2 结构变异类型与基因图谱
OGM补充分子分型发现，漏检变异主要因尺寸过小（60%）或为CN-LOH（28%）。SV包括8例缺失、6例PTD、2例易位及2例复杂重排。高频突变基因为KMT2A（5例PTD）及RUNX1（3例），其次为NF1、DLEU（各2例缺失）。新发现一例t(3;20)易位导致FOXP1::EYA2融合。结合NGS发现，8例病例通过OGM检出缺失或CN-LOH，证实了TET2、FLT3、NF1、RUNX1、WT1等基因的双等位/多打击失活。
3.3 KMT2A-PTD的精细结构与表达特征
在5例（10%）病例中，OGM以“间质插入”形式检出KMT2A-PTD（exon 3–9或4–9重复）。RNA-seq验证了融合转录本，并显示PTD阳性病例中KMT2A C端截短蛋白表达上调，且HOXA基因簇（HOXA5、HOXA9、HOXA10）表达显著高于非PTD组，提示其通过表观遗传机制驱动白血病发生。
3.4 CN-LOH的验证与临床关联
通过酶标记位点共定位SNP分析验证了7例CN-LOH事件（涉及3q、13q、17p等臂），证实其为单亲二倍体（UPD）。这些区域富集了FLT3-ITD、TET2、RUNX1、WT1等致病突变，OGM通过检出CN-LOH揭示了其双等位打击本质。
3.5 生存分析与临床相关性
Kaplan–Meier分析显示，OGM检出异常组（SV>5 Mbp/白血病基因SV/CN-LOH）的疾病特异性生存（DSS）显著差于OGM阴性组（p=0.007），多变量Cox回归（校正年龄）确认OGM阳性是独立不良预后因素（HR=3.4，p=0.014）。此外，OGM阳性状态与ELN 2022非 favorable 风险组及NPM1野生型状态显著相关。
讨论与结论
本研究证实近半数形态学“正常核型”AML存在OGM可检出的隐匿性SV/CN-LOH，其中KMT2A-PTD、NF1缺失及新发FOXP1::EYA2融合等事件具有明确致病意义。OGM技术克服了传统核型分辨率低及NGS对平衡SV盲区的限制，能够系统性揭示CN-AML的基因组异质性，为预后分层（如将部分“中间风险”重分类为高危）及靶向治疗（如针对FLT3-ITD+CN-LOH的双等位打击）提供关键依据。研究人员结论如下：
本研究表明，在相当大比例的CN-AML病例中，存在常规技术未检出的临床相关结构变异，特别是那些与不良预后相关的变异。我们的结果支持使用OGM作为AML研究和诊断应用中一种简化的、全基因组的工具。
