选择用于多细胞真核生物草图基因组（GEM）生成的方法：一项比较分析

《BMC Bioinformatics》：Selecting methods for draft GEM generation in multicellular eukaryotes: a comparative analysis

　　

摘要

受基因组规模代谢模型（GEMs）在生物发现和代谢工程中应用的启发，已经开发出几种用于自动生成代谢模型草图的方法。然而，这些方法大多数并未针对多细胞真核生物进行优化，其在这一任务上的表现尚不明确。在这项工作中，我们对七种自动化重建工具（AuReMe、CarveMe、merlin、ModelSEED、Pathway Tools、RAVEN和Reconstructor）进行了比较分析，这些工具被应用于三种多细胞真核生物：埃及伊蚊（Aedes aegypti）、来自灰仓鼠（Cricetulus griseus）的CHO（中国仓鼠卵巢）细胞系以及褐藻Ectocarpus siliculosus。对这些工具的评估基于网络规模、功能性和一致性、细胞器特异性功能的表示、生物体特异性代谢物的表示、注释质量以及执行时间等指标。我们发现，这些方法在模型功能性与真核生物特征（如细胞器区室化和生物体特异性代谢）的表示之间存在明显的权衡，没有一种方法能够在两者上都表现出色。我们的工作旨在为研究人员提供一个实用资源，帮助他们根据生物体特性和研究目标选择适合的代谢模型草图生成方法。