长时间深度测序研究揭示，在急性HIV感染期间，病毒的多系传播率很高，且病毒种群变化迅速

《Nature Communications》：Long-read deep sequencing reveals high rates of multilineage transmission and rapid viral population changes in acute HIV infection

　　

摘要

了解感染初期作用于HIV的选择压力对于制定预防策略至关重要。通过利用深度测序技术以及FRESH和RV217研究组中从最后一次阴性检测到第一次阳性检测之间的短暂诊断间隔（中位数4天），我们获得了急性HIV感染的精准且早期的信息。在参加AMP试验（NCT02716675和NCT02568215）的受试者中，多重病毒传播的发生率为37%，这一比例高于之前的研究结果，实际发生率可能更高。在三分之二的多系感染病例中，不同病毒谱系的相对丰度随时间发生显著变化，这给确定具体传播病毒及引发感染的因素带来了不确定性。在群体水平上，早期检测到的病毒种群在Gag和Env蛋白上的多样性较低，且这些蛋白最容易受到负选择压力。这些数据可能有助于解释疫苗接种失败的原因，并为预防措施提供新的靶点。