通过对777,000个大规模转录组进行深度学习分析，研究发现人类与小鼠基因之间的保守性不仅体现在DNA序列的相似性上

《Communications Biology》：Deep learning of 777?K bulk transcriptomes reveals human–mouse gene conservation beyond DNA sequence similarity

　　

摘要

小鼠被广泛用作生物医学研究模型，然而尽管小鼠和人类的DNA序列相似，但小鼠基因研究的结果往往与人类相应研究的结果存在差异。在这里，我们展示了基因表达模式能够为理解人类与小鼠之间的基因关系提供额外的见解。利用基于Transformer的GeneRAIN模型对777,000个人类和小鼠的批量RNA测序样本进行处理，我们生成了基于RNA的基因表示，并比较了不同物种间的同源基因。我们发现了2,407个在DNA序列上高度相似但在RNA特征上存在差异的人类-小鼠同源基因，这些基因更有可能与不同的疾病或表型相关联。同时，我们还发现了3,070个在DNA和RNA水平上都表现出低相似性的基因，这表明它们存在较高的跨物种差异风险。我们的方法还基于跨物种RNA保守性识别了长非编码RNA的同源物。这些结果为评估小鼠模型在研究特定人类基因方面的适用性提供了参考。