水螅头部再生过程中动态可转座元件的表达

《Mobile DNA》：Dynamic transposable element expression during Hydra head regeneration

　　

摘要

可移动元件（TEs）促进了基因组的扩张、基因复制以及基因调控网络的进化。最近的研究强调了TEs在动物发育过程中对调控程序的贡献。同样，虽然有人提出TEs在再生中也起着作用，但这一领域仍缺乏深入研究。Hydra vulgaris是一种具有惊人再生能力的刺胞动物多孔虫。其基因组中约60%由可移动元件组成，最近LINE/CR1类型的可移动元件的大量增加可能对其物种形成起到了作用。先前的研究已经发现了Hydra再生过程中TEs的表达特征，但具体涉及哪些TEs及其表达时间模式仍不清楚。在本研究中，我利用了公开可用的Hydra头部再生过程的RNA测序数据来分析TEs的表达模式。研究共鉴定出262个在再生过程中表达模式动态变化的TEs。分析还发现，一些TEs的表达模式与参与伤口修复和组织重塑的基因相似。部分动态表达的TEs在基因组上与参与细胞凋亡、细胞外基质重塑以及与再生信号通路相互作用的蛋白质紧密相邻。本研究为未来研究TEs在再生中的机制作用提供了一组候选TEs。