从龈下生物膜中分离出的Streptococcus lingualis的完整基因组序列

《BMC Genomic Data》：Complete genome sequence of Streptococcus lingualis isolated from subgingival biofilm

　　

摘要

研究目的

Streptococcus lingualis是一种最近被发现的口腔链球菌；然而，关于该物种的基因组信息仍然有限，目前仅拥有类型菌株S5?的完整基因组序列。本研究的目的是生成一种来自龈下生物膜的S. lingualis分离株的高质量完整基因组序列，以扩充该物种的基因组资源。

数据描述

S. lingualis菌株KHUD_012是从一名健康成年人的龈下生物膜中分离出来的，并使用PacBio Sequel IIe平台进行了测序。单个SMRT细胞产生了144,821条HiFi读段，这些读段通过IPA HiFi基因组组装器v2.0进行了从头组装。该完整基因组由一条环状染色体组成，长度为2,115,610 bp，G+C含量为42.0%，包含1,956个蛋白质编码基因、4个rRNA操纵子和62个tRNA。BUSCO分析显示其完整性为99.5%。与亲缘关系密切的类型菌株进行的全基因组比对结果显示，KHUD_012与 S5?的亲缘关系最为密切，其OrthoANI值为96.44%；基于Parsnp的核心基因组SNP分析也支持了这一系统发育位置。与S5?的比较基因组分析发现了KHUD_012中的1,717个共享核心基因簇和198个独特基因簇，其中许多基因簇的功能尚未被阐明。