全基因组关联分析和基于MaODR的多基因位点相互作用分析揭示了新发现的代谢综合征的易感基因网络

《Genome Biology》：Genome-wide association and MaODR-based multi-locus interaction analyses reveal a susceptibility gene network for newly identified metabolic syndrome

　　

摘要

背景

代谢综合征涉及多个与脂质相关的基因，包括载脂蛋白A5（APOA5）、脂蛋白脂肪酶（LPL）和胆固醇酯转移蛋白（CETP）。尽管已经报道了单个SNP的易感性，但基因间的相互作用仍需进一步研究。为填补这一空白，我们应用了由我们团队先前开发的多目标多因素降维（MaODR）方法，来检测新发现的代谢综合征（MetS）患者和非MetS患者中的基因间相互作用。

结果

在排除了吸烟者和患有慢性疾病的人后，通过对40,773名台湾生物银行参与者（其中5,723人为新发现的代谢综合征病例，35,050人为对照组）进行全基因组关联分析，发现了35个显著的SNP。我们检测到APOA5和LPL之间的两个位点的SNP-SNP相互作用；最显著的基因型组合是rs331-GG与rs651821-CC（bootstrap比值比=1.76；p=9.61×10?2?）。MaODR还揭示了APOA5、LPL和CETP之间的三基因相互作用。此外，我们发现LPL、APOA5、BUD13、锌指蛋白1（ZPR1）、APOC3、CETP和APOE基因共同参与了代谢综合征的易感性，其中LPL的SNP显示出与代谢综合征显著相关的效应，并与APOA5和CETP基因的SNP发生相互作用。与代谢综合征相关的基因在胆固醇代谢和过氧化物酶体增殖激活受体信号通路中富集。

结论

MaODR通过新发现的代谢综合征中的SNP-SNP相互作用检测到了上位性网络，突出了APOA5–LPL和APOA5–LPL–CETP的相互作用模型。