EcoliTyper：一种针对大肠杆菌（Escherichia coli）优化的计算流程，用于全面的基因分型和监测

《BMC Bioinformatics》：EcoliTyper: a species-optimized computational pipeline for comprehensive genotyping and surveillance of Escherichia coli

　　

摘要

背景

大肠杆菌是一种主要的细菌病原体，与全球范围内的高疾病负担相关。有效的监测需要综合性的基因组分析，但目前的方法依赖于多种独立的工具来进行序列分型、血清型鉴定、质粒筛查以及抗菌素耐药性（AMR）和毒力因子的分析。这种碎片化的流程可能会使分析变得复杂，并阻碍标准化报告的进行。

结果

我们开发了EcoliTyper，这是一个计算管道，能够在单一自动化工作流程中执行一系列针对大肠杆菌的基因分型分析。该工具能够进行物种确认（通过fastANI）、组装质量控制、多位点序列分型（MLST）、血清型鉴定（O和H抗原）、CH分型（FumC和FimH）、Clermont系统分类、致病型分类，以及检测抗菌素耐药性基因、毒力因子、质粒复制子、杀菌剂和重金属抗性标记。它还包括跨基因组模式发现功能，用于总结基因频率，并利用一个手动整理的高风险克隆谱系数据库来对结果进行背景分析。所有结果都被编译成一份交互式的、以基因为中心的HTML报告，同时提供TSV、JSON和纯文本文件格式。在配备16个CPU核心的系统中，EcoliTyper大约用129分钟处理了60个大肠杆菌基因组。

可用性

EcoliTyper根据MIT许可证免费提供，网址为：https://github.com/bbeckley-hub/EcoliTyper，并且以独立的Conda包的形式进行分发。

结论

EcoliTyper通过将多种分型方法整合到一个高效的工作流程中，解决了大肠杆菌基因组学研究中的流程碎片化问题。通过提供结构化、多格式的输出和背景数据，它促进了监测和流行病学研究中分离株的快速特征分析。