《International Journal of Medical Microbiology》：Advancing Genomic Surveillance of Respiratory Syncytial Virus in Portugal through an Adapted Amplicon-Based Whole-Genome Sequencing Workflow
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米格尔·兰萨（Miguel Lan?a）|维托尔·博尔赫斯（Vítor Borges）|瓦尼亚·加约（Vania Gaio）|安娜·保拉·罗德里格斯（Ana Paula Rodrigues）|丹妮拉·桑托斯（Daniela Santos）|西尔维娅·杜阿尔特（Sílvia Dua
米格尔·兰萨（Miguel Lan?a）|维托尔·博尔赫斯（Vítor Borges）|瓦尼亚·加约（Vania Gaio）|安娜·保拉·罗德里格斯（Ana Paula Rodrigues）|丹妮拉·桑托斯（Daniela Santos）|西尔维娅·杜阿尔特（Sílvia Duarte）|卡米拉·亨里克斯（Camila Henriques）|利西尼亚·戈麦斯（Licínia Gomes）|丹妮拉·迪亚斯（Daniela Dias）|玛丽亚·德·杰索斯·查斯凯拉（Maria de Jesus Chasqueira）|拉克尔·吉奥马尔（Raquel Guiomar）|阿里塞·梅洛（Aryse Melo）
摘要
背景
呼吸道合胞病毒（RSV）对全球健康构成了重大威胁，尤其是在幼儿中。全基因组测序（WGS）对于追踪RSV的演变和流行病学至关重要，这凸显了建立高效监测工作流程的重要性。
目的
优化一种简化的一步多重RT-PCR方法，用于RSV的全基因组测序，以便能够精确地分析葡萄牙境内流行的RSV病毒。
研究设计
我们采用了一种已发表的方法，开发了一步RT-PCR方案，用于分析2021年至2024年间由国家RSV监测网络（VigiRSV）收集的RSV阳性样本。在收到的1167个样本中，实时PCR循环阈值低于25的样本被选为测序对象。从这些样本中随机选取了166个样本用于方法开发和验证，以确保地理和季节分布的代表性。
结果
在测试的166个样本中，基因组完整性平均为92.69%（95%置信区间：90.15%-95.23%），四分位数范围为6.60%，表明测序性能总体稳定。最终获得了134个近乎完整的基因组（覆盖度≥30倍，覆盖参考基因组的≥90%）。系统发育分析显示，在研究期间，葡萄牙境内存在13种RSV A谱系和3种RSV B谱系。
结论
这种改进后的方案实现了较高的整体覆盖率，并且在不同季节和地区表现出稳定的性能，证明了其在RSV全基因组测序中的可靠性。该方法在多个季节和地理区域中的优异表现表明其具有可重复性，适合整合到常规监测工作中。这些特点使其成为增强RSV流行病学研究和公共卫生监测的实用且可扩展的工具。
