摘要
高原野生动物的肠道是多种病原体的重要储存库。然而，宿主生态如何影响病原体群落的组成及其相互作用机制仍不清楚。通过为期两年半的研究，将生活在地下的高原鼩鼱（Eospalax baileyi）与生活在地面上的高原鼠兔（Ochotona curzoniae）进行比较，本研究表明病原体、毒力因子基因（VFGs）和病原体-宿主相互作用（PHI）基因的分布和传播动态是由动物不同的生态位决定的。研究结果揭示了一个明显的生态进化权衡：生活在稳定但病原体丰富的洞穴系统中的高原鼩鼱，其肠道中的病原体、VFGs和PHI基因的数量更多，并形成了复杂的共存网络。相比之下，生活在多样化环境中的高原鼠兔虽然病原体和基因多样性更高，但总体数量较少，其相互作用网络较为简单，表明其具有机会性定植的特点。宏基因组分析表明，VFGs、PHI基因和移动遗传元件（MGEs）之间存在密切关联，这可能意味着它们会共同转移。此外，动物体重和降水量被确定为影响病原体动态的关键因素。这些发现表明，肠道处于动物健康和环境健康的交汇点，突显了不同生态位中宿主介导的病原体进化如何塑造高原生态系统的整体“同一健康”动态。
图形摘要
分别在不同季节从地面生活的高原鼠兔和穴居的高原鼩鼱中收集了肠道内容物。分析显示，样本中病原菌、毒力因子基因（VFGs）和PHI基因的分布和表达受到某些生态进化权衡的影响。
利益冲突
作者声明没有利益冲突。
数据可用性声明
支持本研究结果的数据可在中国国家生物信息中心公开获取，网址为：https://www.cncb.ac.cn/?lang=en，参考编号为CRA022714和CRA022711。
