国家基因组监测揭示了blaNDM-1质粒和染色体在全球的传播途径

《npj Antimicrobials and Resistance》：National genomic surveillance reveals global plasmid and chromosomal dissemination routes of blaNDM-1

　　

摘要

新德里金属β-内酰胺酶（NDM）产生菌的全球传播对全球医疗系统构成了重大威胁，然而导致这些细菌在各国长期存在的机制仍不甚明了。本文结合了十年的全国范围监测数据和高分辨率基因组学研究，重建了blaNDM在哥斯达黎加的出现、传播和进化过程——从2014年首次检测到该菌株，到COVID-19大流行期间发生的医院暴发事件。全国范围内的监测确认了数百株blaNDM阳性菌株，揭示了该菌株在医院中的广泛传播，并发现从2020年起主导blaNDM携带菌株发生了变化。在大流行期间，NDM的检出率上升，同时发生了一起涉及247名患者的院内暴发，死亡率为51%。对40株代表性菌株的基因组分析显示，这些菌株既携带质粒型blaNDM-1，也携带染色体型blaNDM-1；其传播途径包括通过全球传播的高风险克隆以及本地新出现的克隆。质粒分析表明，主要的blaNDM-1携带质粒属于IncA/C2型，该质粒源自一个全球保守的基因骨架，并通过与其他质粒元素的融合事件产生了多种耐药性巨质粒。这些发现共同揭示了全球连通性、当地种群动态以及质粒可塑性如何共同作用于blaNDM在各国持续存在的过程，强调了持续进行基因组监测的重要性。